PDB-4nes: Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii UDP-GlcNAc 2-e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nes

タイトル

Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii UDP-GlcNAc 2-epimerase in complex with UDP-GlcNAc and UDP

要素

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / UDP-glycosyltransferase/glycogen phosphorylase fold / UDP-GlcNAc 2-epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Chen, S.C. / Yang, C.S. / Huang, C.H. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the archaeal UDP-GlcNAc 2-epimerase from Methanocaldococcus jannaschii reveal a conformational change induced by UDP-GlcNAc.
著者: Chen, S.C. / Huang, C.H. / Yang, C.S. / Liu, J.S. / Kuan, S.M. / Chen, Y.

履歴

登録	2013年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nes.cif.gz	159.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nes.ent.gz	133.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nes_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nes_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4nes_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	4nes_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4neqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qm3-3 6pe9-4 7cgw-1 3qm3-4 6pd0-d 6g3c-d 4qwt-4 4iq8-2 6lii-2 3s3e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.869, 52.743, 59.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-GlcNAc-2-epimerase 分子量: 43138.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: wecB, MJ1504 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q58899, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 40mM Tris-propane, 60mM citric acid, 16% PEG 3350, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9638, 0.9789, 0.9791

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9638	1
2	0.9789	1
3	0.9791	1

反射

解像度: 1.42→30 Å / Num. obs: 74655 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.362 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.42→25.001 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	3860	2.69 %	RANDOM
R_work	0.1952	-	-	-
obs	0.1959	74650	96.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→25.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2901	0	64	447	3412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	4071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.44	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	510

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4203-1.4376	0.2664	135	0.2513	4771	92
1.4376-1.4558	0.2849	124	0.2479	4967	95
1.4558-1.475	0.2618	156	0.2399	4946	96
1.475-1.4952	0.2682	151	0.2283	4936	96
1.4952-1.5165	0.2245	134	0.2265	4951	95
1.5165-1.5392	0.2117	119	0.2136	4985	96
1.5392-1.5632	0.2549	157	0.2194	4941	95
1.5632-1.5888	0.2688	145	0.2188	5005	96
1.5888-1.6162	0.2249	122	0.2096	4967	96
1.6162-1.6456	0.2389	156	0.2063	5010	96
1.6456-1.6773	0.2364	117	0.2034	5038	97
1.6773-1.7115	0.2275	133	0.1973	5007	97
1.7115-1.7487	0.2117	135	0.1908	5041	97
1.7487-1.7894	0.231	161	0.1914	4985	97
1.7894-1.8341	0.2696	138	0.1908	5127	98
1.8341-1.8837	0.2148	124	0.1849	5179	99
1.8837-1.9391	0.2167	148	0.1883	5140	99
1.9391-2.0016	0.2188	136	0.1826	5050	98
2.0016-2.0731	0.2088	144	0.1868	5117	98
2.0731-2.1561	0.1899	136	0.1822	5048	98
2.1561-2.2542	0.2475	139	0.1811	5033	97
2.2542-2.3729	0.2297	144	0.1857	4980	96
2.3729-2.5215	0.204	147	0.1937	5056	97
2.5215-2.7159	0.2694	138	0.1953	4979	97
2.7159-2.9888	0.2196	133	0.193	4969	96
2.9888-3.4204	0.2	128	0.1931	5042	96
3.4204-4.3058	0.1825	141	0.1766	4913	95
4.3058-25.0046	0.2002	119	0.2113	4649	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6226	-0.0292	-0.0879	0.3518	-0.0376	0.1009	0.0168	0.0595	-0.0368	0.0114	-0.0139	-0.0129	0.0275	-0.018	0	0.0432	-0.005	-0.0019	0.0511	-0.0139	0.0508	48.3282	26.0104	26.9811
2	0.0202	0.0015	-0.0125	0.195	-0.0082	0.0889	0.004	-0.122	-0.0175	0.0738	-0.014	0.0567	0.0354	-0.0128	-0.0009	0.1057	-0.0216	-0.0059	0.1226	0.0021	0.1079	33.2428	24.6899	46.4781
3	0.3257	0.1104	-0.1788	0.4275	0.0308	0.2662	0.0327	-0.0594	0.0152	0.149	-0.0424	-0.0052	-0.0453	-0.032	0.0062	0.092	-0.011	-0.0039	0.0713	-0.0049	0.0412	39.6945	31.3091	47.1844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1:183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 184:214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 215:364 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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