[日本語] English
万見
- PDB-4nef: X-ray structure of human Aquaporin 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nef
タイトルX-ray structure of human Aquaporin 2
要素Aquaporin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / water channel / cadmium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity / metanephric collecting duct development / transport vesicle membrane / renal water homeostasis / cellular response to copper ion / actin filament organization / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Frick, A. / Eriksson, U. / Mattia, F.D. / Oberg, F. / Hedfalk, K. / Neutze, R. / Grip, W.D. / Deen, P.M.T. / Tornroth-horsefield, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of human aquaporin 2 and its implications for nephrogenic diabetes insipidus and trafficking
著者: Frick, A. / Eriksson, U.K. / de Mattia, F. / Oberg, F. / Hedfalk, K. / Neutze, R. / de Grip, W.J. / Deen, P.M. / Tornroth-Horsefield, S.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2
C: Aquaporin-2
D: Aquaporin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2367
ポリマ－100,9454
非ポリマー2903
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14800 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area32690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.110, 119.110, 90.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-312-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Aquaporin-2 / AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD ...AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD / Water channel protein for renal collecting duct


分子量: 25236.336 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-241 / 変異: W2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P41181
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 22% PEG400, 0.1M Tris, 0.1M NaCl, 0.15M MgCl2. 0.1M CdCl2, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→119.11 Å / Num. obs: 33049 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 74.49 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.735 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→49.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9042 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 1.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1674 5.07 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.203 33049 99.82 %-
all-29716 --
原子変位パラメータBiso mean: 91.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9148 Å20 Å20 Å2
2--2.9148 Å20 Å2
3----5.8297 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.485 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6924 0 3 59 6986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097106HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.139716HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2240SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes99HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1080HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7106HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion948SEMIHARMONIC25
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8937SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.83 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 142 5 %
Rwork0.2241 2699 -
all0.2252 2841 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22851.2667-0.34394.4531-0.31692.77480.4858-1.0885-0.14710.9138-0.44330.83010.3144-0.648-0.0425-0.2256-0.3040.14130.24790.0777-0.335641.1766106.46919.1837
22.42960.84850.75673.65450.1733.8758-0.06650.7001-0.5655-1.08850.22750.26380.6425-0.2933-0.1610.1902-0.201-0.304-0.1795-0.1326-0.300843.232699.0133-19.4041
33.50520.6424-0.14332.170.47542.47550.0735-0.16730.6416-0.67-0.11341.0885-0.3153-0.7270.04-0.21450.0871-0.2845-0.1095-0.02020.140834.3536120.676-3.5598
41.60380.64160.41214.73170.02513.3630.2542-0.4931-1.08850.0596-0.1613-0.14591.035-0.1807-0.09290.0074-0.2036-0.188-0.33560.26820.119349.572185.03484.6615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る