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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nd4
タイトルCrystal structure of the lactate dehydrogenase from cryptosporidium parvum complexed with substrate (pyruvic acid) and cofactor (b-nicotinamide adenine dinucleotide)
要素Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Dehydrogenase / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYRUVIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chattopadhyay, D. / Cook, W.J.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2014
タイトル: Biochemical and structural characterization of Cryptosporidium parvum Lactate dehydrogenase.
著者: Cook, W.J. / Senkovich, O. / Hernandez, A. / Speed, H. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2013年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年12月17日ID: 2FM3
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
B: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,73311
ポリマ－67,7702
非ポリマー1,9639
水4,666259
1
A: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
B: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
B: Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,46622
ポリマ－135,5394
非ポリマー3,92718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area23830 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area41010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.905, 95.905, 185.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Lactate dehydrogenase, adjacent gene encodes predicted malate dehydrogenase


分子量: 33884.855 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 17-337 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd7_480, LDH1 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q5CYZ2, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PEPTIDE SEQUENCE FOR THIS ENTRY WAS TRANSLATED FROM DNA SEQUENCING OF ACTUAL CLONE USED FOR PROTEIN ...PEPTIDE SEQUENCE FOR THIS ENTRY WAS TRANSLATED FROM DNA SEQUENCING OF ACTUAL CLONE USED FOR PROTEIN EXPRESSION. AUTHORS DO NOT KNOW IF THE SEQUENCE DIFFERENCES ARE PCR ERRORS OR MUTATIONS CORRESPONDING DNA POLYMORPHISM OR THERE WERE ERRORS IN PROTEIN DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was incubated with 1 mM pyruvate and 100 uM APAD+ for 1 hour on ice prior to crystallization. Reservoir solution was 1.45-1.65 M ammonium sulfate in 0.1 M sodium cacodylate, pH 7. ...詳細: The protein was incubated with 1 mM pyruvate and 100 uM APAD+ for 1 hour on ice prior to crystallization. Reservoir solution was 1.45-1.65 M ammonium sulfate in 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50964 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2EWD

2ewd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→49.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22277 5134 10.1 %RANDOM
Rwork0.20056 ---
all0.20275 ---
obs0.20275 45828 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.329 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å21.1 Å2-0 Å2
2--1.1 Å2-0 Å2
3----3.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 130 259 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0194919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9611.996669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.661311004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7135632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0525.333180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14415816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5971516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 378 -
Rwork0.245 3316 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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