PDB-4ncj: Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R805E mutation wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ncj

タイトル

Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R805E mutation with ADP Beryllium Flouride

要素

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Adenosine Triphosphatase / DNA Repair / Fungal Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Classen, S. / Williams, G.J. / Arvai, A.S. / Williams, R.S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: ATP-driven Rad50 conformations regulate DNA tethering, end resection, and ATM checkpoint signaling.
著者: Deshpande, R.A. / Williams, G.J. / Limbo, O. / Williams, R.S. / Kuhnlein, J. / Lee, J.H. / Classen, S. / Guenther, G. / Russell, P. / Tainer, J.A. / Paull, T.T.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ncj.cif.gz	757.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ncj.ent.gz	636.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ncj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ncj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ncj_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4ncj_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	4ncj_validation.cif.gz	80.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nchC 4nciC 4nckC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k3y-1 3d5x-d 3g6g-1 5hlw-d 6ron-d 3r7o-d 4zp5-1 4mcv-2 4y48-d 3qku-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

C: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

D: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

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2

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

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3

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4

D: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.020, 108.482, 148.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase 分子量: 38580.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-177 and 726-882 / 変異: R805E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1167, rad50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: P58301
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 100 mM Bicine, 6-14% PEG 20000, 2 mM Dioxane, pH 8.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	90	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.97945
シンクロトロン	ALS	12.3.1	2	1.11583

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	1.11583	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 172044 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.05		0.654	2.02	50264	12353	94.8
2.05-2.11		0.548	2.45	53556	12742	100
2.11-2.17		0.455	2.99	51910	12348	99.9
2.17-2.23		0.661	2.3	41822	10696	89.2
2.23-2.31		0.27	9.19	35378	10125	86.9
2.31-2.39		0.252	5.54	47160	11200	99.9
2.39-2.48		0.186	7.12	45951	10848	99.9
2.48-2.58		0.155	8.6	44623	10490	100
2.58-2.69		0.124	10.59	42418	9975	99.9
2.69-2.82		0.097	13.41	40515	9529	99.9
2.82-2.98		0.077	16.33	38875	9133	99.9
2.98-3.16		0.055	22.1	36419	8578	99.8
3.16-3.38		0.04	28.67	34174	8061	99.8
3.38-3.65		0.034	33.63	30515	7481	99.2
3.65-3.99		0.031	37.29	24022	6641	95.8
3.99-4.47		0.024	45.04	25651	6203	99.5
4.47-5.16		0.02	48.14	22394	5528	99.5
5.16-6.32		0.022	45.84	20089	4656	99.9
6.32-8.93		0.019	47.74	15343	3575	99.9
	8.93	0.017	53.21	7920	1882	95.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_1269	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→45.408 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8056 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.69 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2575	8701	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2233	-	-	-
obs	0.225	171047	97.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.3 Å² / B_iso mean: 43.3078 Å² / B_iso min: 12.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9887	0	128	902	10917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	14003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.285	3865

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0199	0.3296	267	0.2988	4984	5251	89
2.0199-2.0436	0.3017	298	0.2738	5560	5858	100
2.0436-2.0686	0.3188	302	0.2767	5550	5852	100
2.0686-2.0947	0.2826	289	0.2686	5540	5829	100
2.0947-2.1223	0.3005	300	0.2679	5609	5909	100
2.1223-2.1514	0.2566	294	0.2523	5536	5830	100
2.1514-2.1821	0.2866	294	0.2634	5586	5880	100
2.1821-2.2147	0.4439	298	0.437	5403	5701	97
2.2147-2.2493	0.6242	197	0.6034	3723	3920	67
2.2493-2.2862	0.621	199	0.6049	4036	4235	73
2.2862-2.3256	0.357	287	0.2986	5589	5876	99
2.3256-2.3679	0.3047	296	0.2426	5595	5891	100
2.3679-2.4134	0.294	330	0.2336	5509	5839	100
2.4134-2.4627	0.3088	287	0.2308	5577	5864	100
2.4627-2.5162	0.2823	317	0.2177	5586	5903	100
2.5162-2.5747	0.2402	322	0.2041	5515	5837	100
2.5747-2.6391	0.2673	295	0.2102	5583	5878	100
2.6391-2.7105	0.2646	299	0.1991	5569	5868	100
2.7105-2.7902	0.2242	265	0.193	5624	5889	100
2.7902-2.8803	0.2684	319	0.1994	5514	5833	100
2.8803-2.9832	0.2146	305	0.1999	5561	5866	100
2.9832-3.1026	0.2556	278	0.2069	5592	5870	100
3.1026-3.2438	0.2461	307	0.1951	5517	5824	100
3.2438-3.4147	0.2525	280	0.1879	5617	5897	100
3.4147-3.6286	0.2284	254	0.1845	5575	5829	99
3.6286-3.9086	0.2356	321	0.1945	5245	5566	95
3.9086-4.3017	0.1748	329	0.1582	5486	5815	99
4.3017-4.9235	0.1602	265	0.1455	5581	5846	99
4.9235-6.2006	0.2017	333	0.1758	5510	5843	100
6.2006-45.4201	0.2385	274	0.2168	5474	5748	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0099	0.0679	-0.9122	3.4825	-0.5448	2.6657	0.1335	-0.1387	-0.1051	0.0427	-0.1748	0.1539	0.1222	-0.0707	0.0337	0.1139	0.0009	-0.0413	0.1985	-0.031	0.183	-13.185	-40.8039	16.8344
2	1.6924	-0.4588	-0.301	2.183	0.1795	2.5031	-0.0719	-0.1841	-0.0092	0.306	-0.0908	0.5249	0.1485	-0.462	0.1303	0.2028	-0.0701	0.0154	0.3653	-0.1091	0.4032	-22.8171	-38.0009	22.3795
3	0.7418	-0.3462	0.2727	3.1586	-0.7275	3.8527	0.0338	-0.2049	0.2266	0.4432	0.1371	0.0381	-0.8776	-0.1756	-0.1615	0.3332	0.0598	0.015	0.2747	-0.0623	0.3012	-17.6345	-12.8256	13.7302
4	0.8319	-0.0121	0.8617	1.3545	-0.4045	3.4536	0.0082	-0.0451	0.2466	0.1234	-0.1226	-0.4263	-0.334	0.4	0.1211	0.1738	-0.0259	-0.067	0.3098	-0.0477	0.3917	-2.3653	-28.4271	13.6078
5	3.8336	0.634	2.3605	4.0292	0.3254	2.8019	-0.1832	-0.1681	0.0087	-0.0812	-0.0554	0.0705	-0.0078	0.0675	0.2451	0.2791	0.0069	0.0994	0.219	-0.0089	0.1907	-5.6258	-13.5485	92.1624
6	0.982	-0.083	0.6178	1.7643	0.5101	1.1039	-0.1304	-0.1233	0.0067	0.2285	0.0611	-0.0929	-0.065	0.1179	0.0787	0.3527	-0.0543	0.0855	0.3227	0.0467	0.2451	3.6087	-16.3262	97.6797
7	1.3213	0.0143	-0.1087	3.4327	1.1601	3.5	0.0856	-0.1824	-0.2826	0.5237	-0.0233	0.0811	0.3257	0.1812	-0.0387	0.3111	-0.0293	0.0466	0.2127	0.0464	0.2245	-2.7496	-41.9817	88.3837
8	0.9992	0.687	-0.0705	2.0407	0.2258	2.9254	-0.0496	-0.2019	-0.1225	0.2934	-0.283	1.0552	0.2073	-0.4888	0.1583	0.3098	-0.0811	0.1747	0.3604	-0.0597	0.4287	-17.2065	-25.3663	89.3911
9	2.5966	0.6524	0.9685	2.0719	0.6009	4.5215	0.1012	0.1095	0.342	-0.2028	0.1222	-0.2427	-0.4127	0.0135	-0.1834	0.1786	0.0361	0.0572	0.2433	0.0675	0.3251	-14.6168	-13.4711	-14.3611
10	1.6393	-0.2408	0.306	2.1291	-1.0344	3.8094	0.0851	0.4851	0.1432	-0.2521	0.2022	0.1182	-0.155	-0.3431	-0.2659	0.2052	0.0363	0.0637	0.4539	0.0682	0.3262	-22.7528	-16.7602	-21.2897
11	0.2401	-0.168	-0.3797	1.3249	-0.1286	1.444	0.0809	0.1542	-0.0737	-0.5411	-0.0369	0.1813	0.2925	-0.0533	-0.0639	0.3814	0.0415	-0.1364	0.2578	-0.065	0.2663	-16.582	-42.3637	-13.8309
12	0.551	-0.5107	-1.0211	2.9251	-0.5183	3.8212	0.0658	0.0521	0.1634	0.042	-0.1258	-0.7597	0.2347	0.6755	0.0338	0.1901	0.0536	0.0218	0.4176	-0.0701	0.4032	-1.9585	-23.6161	-10.5702
13	2.4802	-0.5797	-1.3976	3.2782	0.9205	2.7302	0.0142	0.2308	-0.3604	-0.143	-0.1612	0.3331	0.3689	0.0653	0.1211	0.2834	-0.0053	-0.029	0.2229	-0.0664	0.2206	-7.7414	-40.9271	60.3309
14	2.1137	-0.9969	-0.479	2.1397	1.7429	3.4877	-0.01	0.3891	-0.1114	-0.2853	-0.1936	0.1994	0.0356	0.3303	0.1871	0.3081	0.051	-0.0353	0.3272	0.0167	0.22	0.5336	-37.7611	53.5342
15	0.5023	-0.0041	0.1984	2.4872	0.6617	1.7942	0.0588	0.126	0.0858	-0.3478	-0.1079	-0.1177	-0.5135	0.0316	0.0108	0.3271	-0.0035	-0.0015	0.1931	0.0302	0.2055	-3.738	-11.7296	61.3722
16	1.282	-0.6774	0.423	2.4686	0.4429	3.0554	0.01	0.1669	-0.2146	-0.0405	-0.1437	0.7774	0.0137	-0.5074	0.1349	0.1833	-0.0002	-0.0462	0.3082	-0.0693	0.4102	-19.2032	-29.8363	65.2655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:60 )	A	1 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 61:163 )	A	61 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 735:822 )	A	735 - 822
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 823:882 )	A	823 - 882
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 1:60 )	B	1 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 61:164 )	B	61 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 736:822 )	B	736 - 822
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 823:882 )	B	823 - 882
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 1:60 )	C	1 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 61:163 )	C	61 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 726:822 )	C	726 - 822
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 823:882 )	C	823 - 882
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 1:60 )	D	1 - 60
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 61:164 )	D	61 - 164
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 726:822 )	D	726 - 822
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 823:882 )	D	823 - 882

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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