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- PDB-4ncf: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ncf
タイトルCrystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae in complex with GDP
要素Eukaryotic translation initiation factor 5B
キーワードTRANSLATION / Translation initiation / GTPase / eIF5B/IF2 / Subunit joining / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / regulation of translational initiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly ...formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / regulation of translational initiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / translational initiation / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.015 Å
データ登録者Kuhle, B. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: eIF5B employs a novel domain release mechanism to catalyze ribosomal subunit joining.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B
B: Eukaryotic translation initiation factor 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9326
ポリマ－101,9972
非ポリマー9354
水00
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4663
ポリマ－50,9991
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4663
ポリマ－50,9991
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.560, 119.460, 120.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASPASPchain AAA402 - 8527 - 457
2LYSLYSchain BBB401 - 8486 - 453

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5B / eIF-5B / Translation initiation factor IF-2


分子量: 50998.629 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 399-852 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: FUN12, NM_001178180, YAL035W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39730
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8 % PEG 8000 0.37 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82658 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→46.664 Å / Num. obs: 21521 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 77.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.32
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.02-3.120.6063.52199.5
3.12-3.210.434.61199.5
3.21-3.410.2936.45199.4
3.41-3.930.13512.38199
3.93-4.20.06821.3199.2
4.2-4.450.04728.05199.5
4.45-4.720.03532.85198.3
4.72-140.02149.55199.5
14-170.01290.811100
17-500.01384.45197.3
501

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.02 Å46.66 Å
Translation3.02 Å46.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4N3S

4n3s


解像度: 3.015→46.664 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1074 5 %
Rwork0.2525 --
obs0.254 21468 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.1292 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.015→46.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6641 0 58 0 6699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.819218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.812500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3450X-RAY DIFFRACTION11.956TORSIONAL
12B3450X-RAY DIFFRACTION11.956TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0152-3.15240.36431330.36752510X-RAY DIFFRACTION99
3.1524-3.31860.34191320.31992510X-RAY DIFFRACTION99
3.3186-3.52640.33361320.30762508X-RAY DIFFRACTION99
3.5264-3.79860.36051320.29552509X-RAY DIFFRACTION99
3.7986-4.18070.29011340.25242531X-RAY DIFFRACTION99
4.1807-4.78510.2541330.21382538X-RAY DIFFRACTION99
4.7851-6.02670.28061350.24182587X-RAY DIFFRACTION100
6.0267-46.66960.23581430.22222701X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.589-0.82051.21977.13840.43673.84890.0470.00880.0648-0.0572-0.20831.7102-0.0907-0.66070.18260.49710.06020.02160.4825-0.05910.58725.445126.434229.7152
21.8322-0.54561.57374.12843.15889.1363-0.20170.08410.20720.0404-0.0471-0.7717-1.03350.50280.31350.517-0.07040.1560.47420.08570.697313.268427.04127.7924
34.7077-0.1005-0.67594.44130.59826.7655-0.12320.1602-0.05560.3188-0.279-0.30.30330.06640.4490.4744-0.04970.01970.31550.00850.432210.461720.314543.2472
45.9053-1.83640.14378.4519-2.00217.9975-0.2124-0.36070.07251.0449-0.0228-1.06560.14340.91590.19560.5784-0.075-0.02390.4135-0.00940.59117.325122.451943.8567
55.9816-3.0534-3.79745.1572-1.41389.9177-0.7585-2.165-0.4540.3633-0.36010.20340.21510.91981.10591.19090.04580.08570.5922-0.07210.950510.415520.484313.4908
66.4926-0.8068-0.11866.8429-0.44717.0019-0.4780.80690.2524-1.21170.03680.05230.7064-0.03220.5781.1816-0.0643-0.01770.52080.05810.685.785820.20847.3116
75.92530.75912.77543.4682-0.20996.06610.21660.1711-0.4279-0.28670.297-0.27130.02630.8072-0.48420.79330.04920.18910.51310.02890.852713.9379-3.641316.6632
87.57386.49742.42186.60814.22846.47780.57-0.7372-0.4690.2166-0.4022-0.13531.071-0.2667-0.26321.27440.12660.09610.5492-0.02171.13934.4916-11.036322.2605
94.6347-1.51321.80091.7377-1.86597.2308-0.4682-0.75382.02760.7790.3206-1.61660.29870.26940.44210.60540.1519-0.38710.5443-0.25911.076546.7668-0.07372.8743
103.45631.8421-0.2423.89693.00277.9617-0.0815-0.11490.68220.84740.3312-0.40850.29710.6175-0.27640.84180.1565-0.44060.3898-0.16570.722239.2921-1.07732.3323
117.6001-2.181-0.86258.1547-1.39345.8259-0.4169-0.4225-0.26050.78720.29430.39810.2721-0.26630.1470.4372-0.0148-0.00970.3343-0.02310.398139.9913-15.24268.3882
123.3624-0.2042-1.88115.69981.22389.30511.3316-0.9489-1.610.4315-0.74040.0069-0.2047-0.5587-0.60260.82670.1135-0.27710.6461-0.02530.761641.371415.06477.2254
135.68223.40490.56037.168-1.93028.17540.7778-0.88980.5020.7351-0.28930.6373-1.5108-0.4581-0.21380.96760.05320.24480.61-0.04150.718344.100522.74057.757
145.3161-1.03272.18864.9923-1.42421.0978-1.1898-2.4795-1.03660.14150.54010.62744.8056-0.75620.29563.3410.38160.71272.66290.46891.311142.657815.377132.8717
157.6937-4.3747-1.38124.59152.21921.23220.6645-1.4740.6943.14192.0307-0.22081.1657-1.0848-2.07562.08370.1090.17921.70160.28130.760848.145923.154139.0679
163.3106-1.3178-1.22412.6354-1.5774.06960.8885-3.1301-0.79460.7981-1.3014-1.1395-0.6923.19730.17051.1288-0.1905-0.1782.2312-0.08711.778255.465617.059837.601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 402 through 443 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 444 through 495 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 496 through 554 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 555 through 619 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 620 through 645 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 646 through 738 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 739 through 788 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 789 through 852 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 401 through 455 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 456 through 495 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 496 through 618 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 619 through 653 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 654 through 746 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 747 through 775 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 776 through 811 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 812 through 848 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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