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万見
- PDB-4nc7: N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nc7
タイトルN-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions
要素DNA-directed RNA polymerase subunit delta
キーワードTRANSCRIPTION / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / NICKEL (II) ION / DNA-directed RNA polymerase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Demo, G. / Papouskova, V. / Komarek, J. / Sanderova, H. / Rabatinova, A. / Krasny, L. / Zidek, L. / Sklenar, V. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: X-ray vs. NMR structure of N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase.
著者: Demo, G. / Papouskova, V. / Komarek, J. / Kaderavek, P. / Otrusinova, O. / Srb, P. / Rabatinova, A. / Krasny, L. / Zidek, L. / Sklenar, V. / Wimmerova, M.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2145
ポリマ－23,5382
非ポリマー6763
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子

A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7736
ポリマ－23,5382
非ポリマー1,2354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
3
B: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子

B: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6564
ポリマ－23,5382
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
4
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子

A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,42910
ポリマ－47,0764
非ポリマー1,3526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8790 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.650, 110.200, 85.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-237-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit delta / RNAP delta factor


分子量: 11769.083 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: rpoE, BSU37160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12464
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0840.81
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
290.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法82M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
290.152蒸気拡散法8.21.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月21日
放射モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.5 Å / Num. all: 13668 / Num. obs: 13651 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→27.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.042 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25937 676 5 %RANDOM
Rwork0.20129 ---
all0.239 13651 --
obs0.20418 12976 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.04 Å20 Å20 Å2
2---2.55 Å2-0 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 18 80 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.9771864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8932987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.09925.20573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89915254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.503156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02320
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 59 -
Rwork0.231 937 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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