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- PDB-4nc3: Crystal structure of the 5-HT2B receptor solved using serial femt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nc3
タイトルCrystal structure of the 5-HT2B receptor solved using serial femtosecond crystallography in lipidic cubic phase.
要素Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT / Serial femtosecond crystallography / human 5HT2B receptor / ergotamine / novel protein engineering / GPCR Network / Membrane protein / lipidic cubic phase / PSI-Biology / free electron laser / Structural Genomics / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / G protein-coupled serotonin receptor complex / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway ...intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / G protein-coupled serotonin receptor complex / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / serotonin receptor signaling pathway / embryonic morphogenesis / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / vasoconstriction / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell migration / neural crest cell differentiation / cGMP-mediated signaling / positive regulation of cell division / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / release of sequestered calcium ion into cytosol / ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activator activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / electron transport chain / intracellular calcium ion homeostasis / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cell population proliferation / synapse / heme binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / DIACYL GLYCEROL / Ergotamine / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PALMITIC ACID / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. ...Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Koglin, J.E. / Seibert, M.M. / Wang, C. / Shah, S.T.A. / Basu, S. / Fromme, R. / Kupitz, C. / Rendek, K.N. / Grotjohann, I. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / White, T.A. / Chapman, H.N. / Caffrey, M. / Spence, J.C.H. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Serial femtosecond crystallography of G protein-coupled receptors.
著者: Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / ...著者: Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Koglin, J.E. / Seibert, M.M. / Wang, C. / Shah, S.T. / Basu, S. / Fromme, R. / Kupitz, C. / Rendek, K.N. / Grotjohann, I. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / White, T.A. / Chapman, H.N. / Caffrey, M. / Spence, J.C. / Stevens, R.C. / Cherezov, V.
履歴
登録2013年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26015
ポリマ－48,2831
非ポリマー4,97714
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.500, 122.200, 168.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562


分子量: 48283.273 Da / 分子数: 1 / 断片: BRIL / 変異: M7W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2B, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 9種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 断片: BRIL / 変異: H102I / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 1 / 断片: BRIL / 変異: R106L / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#9: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris/HCl pH8.0, 20-80mM MgCl2 and 30% (v/v) PEG400 , Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: K-B Mirrors
放射モノクロメーター: K-B Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→35 Å / Num. obs: 16052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1150 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IB4

4ib4


解像度: 2.8→34.681 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 814 5.08 %
Rwork0.2266 --
obs0.2287 16025 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 277 7 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6014299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4141157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.97540.38411370.34092489X-RAY DIFFRACTION100
2.9754-3.2050.33881360.30722470X-RAY DIFFRACTION100
3.205-3.52720.35481290.26292512X-RAY DIFFRACTION100
3.5272-4.0370.26851430.21532534X-RAY DIFFRACTION100
4.037-5.08360.23251330.17842539X-RAY DIFFRACTION100
5.0836-34.68390.26771360.24912667X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24-0.02610.71172.07540.12941.28170.04740.0881-0.1327-0.0432-0.036-0.10610.25150.0323-0.00160.73260.0302-0.00220.66060.07120.6925-21.768-18.163-2.1578
20.18610.1367-0.13240.2899-0.00750.28450.3702-0.0559-0.053-0.0634-0.2081-0.39850.1855-0.7574-01.02640.0854-0.12121.98750.121.1809-48.373-6.3246-45.2049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 48:400) or chain 'A' and (resseq 1201:1201)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 1001:1106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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