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- PDB-4nc1: Crystal Structure of TcdA-A2 Bound to A20.1 VHH and A26.8 VHH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nc1
タイトルCrystal Structure of TcdA-A2 Bound to A20.1 VHH and A26.8 VHH
要素
  • A20.1 VHH
  • A26.8 VHH
  • Cell wall-binding repeat protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-antigen complex
機能・相同性Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Murase, T. / Eugenio, L. / Schorr, M. / Hussack, G. / Tanha, J. / Kitova, E.N. / Klassen, J.S. / Ng, K.K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Antibody Recognition in the Receptor-binding Domains of Toxins A and B from Clostridium difficile.
著者: Murase, T. / Eugenio, L. / Schorr, M. / Hussack, G. / Tanha, J. / Kitova, E.N. / Klassen, J.S. / Ng, K.K.
履歴
登録2013年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall-binding repeat protein
C: A20.1 VHH
E: A26.8 VHH
B: Cell wall-binding repeat protein
D: A20.1 VHH
F: A26.8 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9396
ポリマ－121,9396
非ポリマー00
水97354
1
A: Cell wall-binding repeat protein
C: A20.1 VHH
E: A26.8 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9693
ポリマ－60,9693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell wall-binding repeat protein
D: A20.1 VHH
F: A26.8 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9693
ポリマ－60,9693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.020, 122.290, 247.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Cell wall-binding repeat protein


分子量: 29547.760 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 48489 / 遺伝子: HMPREF0219_0762, TcdA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5RWT1
#2: 抗体 A20.1 VHH


分子量: 16828.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: VHH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 A26.8 VHH


分子量: 14593.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: VHH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111), double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→40 Å / Num. all: 47857 / Num. obs: 47857 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2284 / Rsym value: 0.719 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G7C

2g7c


解像度: 2.61→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.456 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 2487 5.2 %RANDOM
Rwork0.20233 ---
obs0.2049 45426 99.94 %-
all-45426 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7504 0 0 54 7558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.027702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.91910445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2095947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62423.616401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.436151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3951551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.678 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 167 -
Rwork0.264 3327 -
obs-3327 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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