PDB-4nbp: Crystal structure of the JCV large T-antigen origin binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nbp

タイトル

Crystal structure of the JCV large T-antigen origin binding domain

要素

Large T antigen

キーワード

HYDROLASE / origin binding domain / DNA replication / binds DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.315 Å

データ登録者

Meinke, G. / Bohm, A. / Bullock, P.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Initiation of JC Virus DNA Replication Derived from the Crystal Structure of the T-Antigen Origin Binding Domain.
著者: Meinke, G. / Phelan, P.J. / Kalekar, R. / Shin, J. / Archambault, J. / Bohm, A. / Bullock, P.A.

履歴

登録	2013年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nbp.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nbp.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nbp_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nbp_full_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示
XML形式データ	4nbp_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	4nbp_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lifC 4lmdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pzy-d 6swl-2 3zlo-d 5cyn-d 2ohw-1 7lhb-3 4lmd-1 7l61-d 1mdv-2 5go6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (14) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (14) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Large T antigen

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.663, 64.663, 37.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Large T antigen / LT / LT-AG 分子量: 15170.390 Da / 分子数: 1 / 断片: Origin Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス) 遺伝子: large T antigen / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: P03072, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PRESENCE OF TARTRATE IN THE INDICATED CRYSTALLIZATION CONDITIONS CAUSED THE SIDE CHAIN OF LYS A ...THE PRESENCE OF TARTRATE IN THE INDICATED CRYSTALLIZATION CONDITIONS CAUSED THE SIDE CHAIN OF LYS A 168 TO COVALENTLY BOUND TO TLA A 301. SEE ALSO LINK REMARK

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.19 M sodium tartrate, 19 % Peg 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.315→45.7 Å / Num. all: 36965 / Num. obs: 36181 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / B_iso Wilson estimate: 16.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 29.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.32-1.37	12.5	0.658	1	99.4
1.37-1.42	13.8	0.499	1	99.4
1.42-1.49	14	0.383	1	100
1.49-1.57	14.1	0.275	1	100
1.57-1.66	14.2	0.205	1	100
1.66-1.79	14.3	0.151	1	100
1.79-1.97	14.4	0.115	1	100
1.97-2.26	20.6	0.127	1	100
2.26-2.84	21.4	0.095	1	100
2.84-50	20.2	0.074	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.315→45.7 Å / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1785	1844	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1542	-	-	-
obs	0.1554	35098	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.315→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1036	0	19	222	1277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.61	1555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.617	416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3153-1.3326	0.2652	129	0.2759	2498	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3326-1.3509	0.2767	136	0.2374	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3509-1.3702	0.2189	122	0.2166	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3702-1.3906	0.225	147	0.2188	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3906-1.4124	0.1938	109	0.201	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4124-1.4355	0.2281	117	0.1994	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4355-1.4603	0.2728	170	0.1954	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4603-1.4868	0.1925	133	0.1917	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4868-1.5154	0.1803	152	0.1737	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5154-1.5464	0.1548	139	0.1726	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5464-1.58	0.1633	123	0.1644	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6167	0.2473	169	0.1625	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6167-1.6572	0.1507	139	0.1521	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.702	0.1569	156	0.155	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.702-1.7521	0.1824	149	0.1528	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7521-1.8086	0.1969	126	0.1648	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8086-1.8733	0.2127	125	0.1622	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8733-1.9483	0.1795	143	0.1596	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9483-2.0369	0.1725	139	0.1462	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0369-2.1443	0.1614	134	0.1404	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1443-2.2787	0.1596	122	0.1451	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2787-2.4546	0.1903	149	0.1592	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4546-2.7016	0.1839	148	0.171	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7016-3.0924	0.2386	130	0.1618	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0924-3.8958	0.1664	137	0.1328	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8958-45.7513	0.1296	144	0.1279	2630	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9808	-0.555	0.3522	1.9495	-0.1366	1.3481	-0.0079	-0.0665	-0.0683	0.0984	-0.0002	0.0196	0.0505	0.0286	0.0136	0.0937	0.0016	0.0058	0.102	0.0149	0.0919	12.887	26.4594	1.6019
2	3.7235	-0.1882	1.1412	3.0133	-1.2769	4.191	-0.0036	-0.0539	-0.0824	0.1283	-0.0372	0.0647	0.0459	0.0279	0.035	0.0797	-0.0001	0.0075	0.0658	-0.0284	0.0916	8.9566	25.4108	-3.1427
3	5.0589	0.5806	-4.0521	2.4928	-0.0939	6.3845	0.1427	0.566	0.1135	-0.467	0.0583	0.0254	-0.4885	-0.4529	-0.2406	0.2276	0.0214	-0.0004	0.1518	0.0185	0.1276	10.0057	38.1474	-9.9088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 134:214)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 215:244)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 245:261)

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関連情報:EMDBヘッダ

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