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- PDB-4nb3: Crystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nb3
タイトルCrystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide
要素
  • 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide
  • Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / OB fold / Protein-Protein Interaction / 3 / 4 dichlorophenylalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


ATR-ATRIP complex / protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / chromatin-protein adaptor activity / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate / regulation of double-strand break repair / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...ATR-ATRIP complex / protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / chromatin-protein adaptor activity / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate / regulation of double-strand break repair / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / nucleobase-containing compound metabolic process / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / telomere maintenance via telomerase / mismatch repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Activation of ATR in response to replication stress / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / G2/M DNA damage checkpoint / base-excision repair / PML body / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATR-interacting protein / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type ...ATR-interacting protein / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / ATR-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Feldkamp, M.D. / Frank, A.O. / Vangamudi, B. / Souza-Fagundes, E.M. / Luzwik, J.W. / Cortez, D. / Olejniczak, O.T. / Waterson, A.G. / Rossanese, O.W. / Fesik, S.W. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a Potent Stapled Helix Peptide That Binds to the 70N Domain of Replication Protein A.
著者: Frank, A.O. / Vangamudi, B. / Feldkamp, M.D. / Souza-Fagundes, E.M. / Luzwick, J.W. / Cortez, D. / Olejniczak, E.T. / Waterson, A.G. / Rossanese, O.W. / Chazin, W.J. / Fesik, S.W.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
B: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
C: 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide
D: 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4284
ポリマ－31,4284
非ポリマー00
水8,161453
1
A: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
C: 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7142
ポリマ－15,7142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
D: 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7142
ポリマ－15,7142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.145, 46.803, 78.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-396-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / RP-A p70 / Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / Single-stranded DNA-binding protein / ...RP-A p70 / Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / Single-stranded DNA-binding protein / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / N-terminally processed


分子量: 13497.728 Da / 分子数: 2 / 変異: E7R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPA1, REPA1, RPA70 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27694
#2: タンパク質・ペプチド 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide


分子量: 2216.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized peptide contains a covalently attached fluorescein isothiocyanate (FITC) at its N-terminus and a 3,4 dichlorophenylalanine incorporated into the peptide chain at position 15
参照: UniProt: Q8WXE1*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→26.17 Å / Num. obs: 60645 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4PIC

4pic


解像度: 1.35→26.17 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1747 3095 5.1 %RANDOM
Rwork0.1442 ---
obs0.1457 60645 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→26.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 0 453 2624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9353385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5861007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.127388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.37170.23781270.17622463X-RAY DIFFRACTION91
1.3717-1.39420.21641430.16832626X-RAY DIFFRACTION100
1.3942-1.41820.20171330.15622705X-RAY DIFFRACTION100
1.4182-1.4440.24781380.15212643X-RAY DIFFRACTION100
1.444-1.47180.18331470.1472655X-RAY DIFFRACTION100
1.4718-1.50180.16971580.13552677X-RAY DIFFRACTION100
1.5018-1.53450.2071250.12692666X-RAY DIFFRACTION100
1.5345-1.57020.17541600.12022644X-RAY DIFFRACTION100
1.5702-1.60940.18331570.12272684X-RAY DIFFRACTION100
1.6094-1.65290.15811330.11732644X-RAY DIFFRACTION100
1.6529-1.70160.17011380.12192701X-RAY DIFFRACTION100
1.7016-1.75650.14871660.12572663X-RAY DIFFRACTION100
1.7565-1.81920.20091350.13012662X-RAY DIFFRACTION100
1.8192-1.89210.18051360.13642681X-RAY DIFFRACTION100
1.8921-1.97810.16671560.13712596X-RAY DIFFRACTION98
1.9781-2.08240.15451580.1322661X-RAY DIFFRACTION100
2.0824-2.21280.16471370.14272715X-RAY DIFFRACTION100
2.2128-2.38350.17461320.14242562X-RAY DIFFRACTION95
2.3835-2.62320.17261440.14812690X-RAY DIFFRACTION100
2.6232-3.00230.18211280.15992731X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.78080.16831220.1442308X-RAY DIFFRACTION87
3.7808-26.17480.1751220.16092173X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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