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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nar | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Q9WYS3 protein from Thermotoga maritima. Northeast Structural Genomics Consortium Target VR152 | ||||||
要素 | Putative uronate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / VR152 / PF09861 / DUF2088 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.388 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Chi, Y. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Chi, Y. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Q9WYS3 protein from Thermotoga maritima. 著者: Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Chi, Y. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nar.cif.gz | 180.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nar.ent.gz | 150.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nar_validation.pdf.gz | 450.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nar_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nar_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nar_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nar | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50666.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589/MSB8/DSM 3109/JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_0439, TM_0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9WYS3 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 4.6 詳細: 30% PEG MME 2000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 18378 / Num. obs: 18360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1807 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.388→47.023 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.168 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166.92 Å2 / Biso mean: 31.386 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.388→47.023 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.1145 Å / Origin y: 23.9907 Å / Origin z: -13.4147 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |