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万見
- PDB-4n8c: Three-dimensional structure of the extracellular domain of Matrix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n8c
タイトルThree-dimensional structure of the extracellular domain of Matrix protein 2 of influenza A virus
要素
  • Extracellular domain of influenza Matrix protein 2
  • Heavy chain of monoclonal antibody
  • Light chain of monoclonal antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-peptide complex / Influenza A virus protein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cho, K.J. / Seok, J.H. / Kim, S. / Roose, K. / Schepens, B. / Fiers, W. / Saelens, X. / Kim, K.H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the extracellular domain of matrix protein 2 of influenza A virus in complex with a protective monoclonal antibody
著者: Cho, K.J. / Schepens, B. / Seok, J.H. / Kim, S. / Roose, K. / Lee, J.H. / Gallardo, R. / Hamme, E.V. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F. / Fiers, W. / Saelens, X. / Kim, K.H.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of monoclonal antibody
I: Heavy chain of monoclonal antibody
L: Light chain of monoclonal antibody
M: Light chain of monoclonal antibody
X: Extracellular domain of influenza Matrix protein 2
Y: Extracellular domain of influenza Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8176
ポリマ－101,8176
非ポリマー00
水12,448691
1
H: Heavy chain of monoclonal antibody
L: Light chain of monoclonal antibody
X: Extracellular domain of influenza Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9093
ポリマ－50,9093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
2
I: Heavy chain of monoclonal antibody
M: Light chain of monoclonal antibody
Y: Extracellular domain of influenza Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9093
ポリマ－50,9093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.353, 72.276, 78.446
Angle α, β, γ (deg.)86.880, 77.530, 84.630
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of monoclonal antibody


分子量: 23861.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light chain of monoclonal antibody


分子量: 24404.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Extracellular domain of influenza Matrix protein 2


分子量: 2642.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in influenza A virus
由来: (合成) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 % / Mosaicity: 0.296 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 200 mM Sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 113047 / Num. obs: 109543 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.663.90.674107390.73195.2
1.66-1.7240.479108140.812195.6
1.72-1.840.315108580.901196.1
1.8-1.940.213108991.003196.3
1.9-2.0240.137109801.054196.8
2.02-2.1740.092109181.08197.1
2.17-2.393.90.072110771.017197.7
2.39-2.743.90.053110531.068198
2.74-3.453.90.039111610.973198.5
3.45-503.80.035110441.183197.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBM

3gbm


解像度: 1.6→38.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 5494 5 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1957 104049 96.58 %-
all-107733 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.44 Å2 / Biso mean: 27.2785 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å2-0.56 Å20.04 Å2
2---0.67 Å20.42 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7005 0 0 691 7696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.027284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.9449942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.305315303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3625931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85824.375288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.813151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7161528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021638
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 378 -
Rwork0.321 7217 -
all-7595 -
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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