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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n82 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Streptococcus sanguinis NrdIox | ||||||
![]() | Ribonucleotide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / OXIDATION-REDUCTION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Streptococcus sanguinis Class Ib Ribonucleotide Reductase: HIGH ACTIVITY WITH BOTH IRON AND MANGANESE COFACTORS AND STRUCTURAL INSIGHTS. 著者: Makhlynets, O. / Boal, A.K. / Rhodes, D.V. / Kitten, T. / Rosenzweig, A.C. / Stubbe, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20069.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: SK36 / 遺伝子: nrdI, SSA_2263 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 33395 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RLJ 解像度: 1.88→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.68 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 33.6281 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.884→1.933 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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