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- PDB-4n82: X-ray crystal structure of Streptococcus sanguinis NrdIox -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n82
タイトルX-ray crystal structure of Streptococcus sanguinis NrdIox
要素Ribonucleotide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / OXIDATION-REDUCTION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / protein modification process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative NrdI-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Streptococcus sanguinis Class Ib Ribonucleotide Reductase: HIGH ACTIVITY WITH BOTH IRON AND MANGANESE COFACTORS AND STRUCTURAL INSIGHTS.
著者: Makhlynets, O. / Boal, A.K. / Rhodes, D.V. / Kitten, T. / Rosenzweig, A.C. / Stubbe, J.
履歴
登録2013年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ribonucleotide reductase
A: Ribonucleotide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2446
ポリマ－40,1392
非ポリマー1,1054
水3,675204
1
B: Ribonucleotide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6223
ポリマ－20,0701
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Ribonucleotide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6223
ポリマ－20,0701
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.726, 56.612, 73.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleotide reductase


分子量: 20069.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: nrdI, SSA_2263 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3CR20
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 33395

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RLJ

1rlj


解像度: 1.88→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.68 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 1675 5 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2083 33340 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 33.6281 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å2-0.51 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----2.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 72 204 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.9993440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.725302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4724.88125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52815435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211918
LS精密化 シェル解像度: 1.884→1.933 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 105 -
Rwork0.265 2141 -
all-2246 -
obs--94.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9117-0.293-0.49720.8568-0.09680.8412-0.01150.0009-0.02430.1196-0.07330.014-0.08560.08550.08470.0698-0.0221-0.00510.05870.00760.0259-26.97726.001735.8093
20.56050.19811.46231.17881.06914.2024-0.02490.1935-0.00890.0216-0.0080.10250.02780.53260.03280.03130.01630.0060.14060.01110.017-18.357724.59173.9833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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