[日本語] English
万見
- PDB-4n73: Crystal structure of the ligand binding domain (LBD) of REV-ERB b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n73
タイトルCrystal structure of the ligand binding domain (LBD) of REV-ERB beta bound to Cobalt Protoporphyrin IX
要素Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional Regulator / Nuclear Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8662 Å
データ登録者Matta-Camacho, E. / Kojetin, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of REV-ERB beta Ligand-binding Domain Bound to a Porphyrin Antagonist.
著者: Matta-Camacho, E. / Banerjee, S. / Hughes, T.S. / Solt, L.A. / Wang, Y. / Burris, T.P. / Kojetin, D.J.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0742
ポリマ－22,4551
非ポリマー6201
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.660, 48.680, 69.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-774-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 / Orphan nuclear hormone receptor BD73 / Rev-erb-beta / V-erbA-related protein 1-related / EAR-1R


分子量: 22454.797 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment of the Rev-Erb LBD (381-578) / 変異: L386M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1D2, R1D2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q14995
#2: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.7M ammonium sulfate, 4% Jeffamine and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.866→40.612 Å / Num. all: 39377 / Num. obs: 21145 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.866-1.883194.7
4.61-40199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CQV

3cqv


解像度: 1.8662→40.612 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1955 4.97 %
Rwork0.2145 --
obs0.2165 39356 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8662→40.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 43 228 1832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3252246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.452605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8662-1.91290.42331240.48462564X-RAY DIFFRACTION93
1.9129-1.96460.49941320.47072569X-RAY DIFFRACTION94
1.9646-2.02240.26431740.24592707X-RAY DIFFRACTION100
2.0224-2.08770.37991290.27632732X-RAY DIFFRACTION100
2.0877-2.16230.23531440.21692738X-RAY DIFFRACTION100
2.1623-2.24880.28811190.22382498X-RAY DIFFRACTION91
2.2488-2.35120.35621100.29492465X-RAY DIFFRACTION90
2.3512-2.47510.28711550.19332715X-RAY DIFFRACTION100
2.4751-2.63020.21921390.18122741X-RAY DIFFRACTION100
2.6302-2.83320.23291510.18712756X-RAY DIFFRACTION100
2.8332-3.11820.22841480.17952717X-RAY DIFFRACTION100
3.1182-3.56920.23991380.17252732X-RAY DIFFRACTION100
3.5692-4.49590.22971430.17582733X-RAY DIFFRACTION99
4.4959-40.62210.19311490.19642734X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る