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万見
- PDB-4n5m: Crystal structure of (R)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5m
タイトルCrystal structure of (R)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Ralstonia eutropha in complexed with acetoacetyl-CoA
要素Acetoacetyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetoacetyl-CoA reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Acetoacetyl-CoA reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / Acetoacetyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Kim, J.-E. / Kim, S. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of (R)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase PhaB from Ralstonia eutropha
著者: Kim, J.-E. / Chang, J.H. / Kim, E.-J. / Kim, K.-J.
履歴
登録2013年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,05410
ポリマ－58,7982
非ポリマー2,2568
水9,782543
1
A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子

A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,10820
ポリマ－117,5974
非ポリマー4,51216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area20620 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area34250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.570, 139.570, 70.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acetoacetyl-CoA reductase / (R)-3-hydroxybutyrylCoA dehydrogenase


分子量: 29399.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: H16 / 遺伝子: phbB / プラスミド: pProEX HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P14697, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 化合物 ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ethanol, citrate, lithium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 151127 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 56.5
反射 シェル解像度: 1.34→1.37 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1q7b

1q7b


解像度: 1.34→23.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 0.825 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1878 7752 5 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.1691 146641 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.61 Å2 / Biso mean: 19.4431 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-0 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→23.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 144 543 4389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0193911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4461.9785294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04838551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7485492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15724.465159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72315641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6421524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0131.4571971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0041.4571970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9732.1792462
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.375 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 551 -
Rwork0.303 10598 -
all-11149 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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