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- PDB-4n5b: Crystal structure of the Nipah virus phosphoprotein tetramerizati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5b
タイトルCrystal structure of the Nipah virus phosphoprotein tetramerization domain
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Polymerase Co-Factor / Nucleoprotein Chaperone / Interferon Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bruhn, J.F. / Barnett, K. / Bibby, J. / Thomas, J. / Keegan, R. / Rigden, D. / Bornholdt, Z.A. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the nipah virus phosphoprotein tetramerization domain.
著者: Bruhn, J.F. / Barnett, K.C. / Bibby, J. / Thomas, J.M. / Keegan, R.M. / Rigden, D.J. / Bornholdt, Z.A. / Saphire, E.O.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
E: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,42929
ポリマ－100,9798
非ポリマー1,45121
水15,493860
1
A: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,24915
ポリマ－50,4894
非ポリマー76011
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21310 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,18014
ポリマ－50,4894
非ポリマー69110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22160 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.061, 76.877, 80.748
Angle α, β, γ (deg.)100.56, 100.85, 107.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Chains A, B, C and D / Chains E, F, G and H

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要素

#1: タンパク質
Phosphoprotein


分子量: 12622.337 Da / 分子数: 8 / 断片: Tetramerization Domain residues 470-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 株: Ind-Nipah-07-FG / 遺伝子: P/V/W/C / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: D2DEB8
#2: 化合物...
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M imidazole pH 7.0, 25% PEG MME 550, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月9日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.37 Å / Num. obs: 51813 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Web-Iceデータ収集
AMPLE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: PDB ENTRY 4EIJ

4eij


解像度: 2.2→46.369 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 2617 5.06 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1895 51738 97.59 %-
all-51738 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 105 860 7500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6359089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1112514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.27531250.23842574X-RAY DIFFRACTION97
2.24-2.28310.2831370.2262578X-RAY DIFFRACTION97
2.2831-2.32970.26311520.21392552X-RAY DIFFRACTION97
2.3297-2.38030.27391300.21132598X-RAY DIFFRACTION97
2.3803-2.43570.2621410.20972576X-RAY DIFFRACTION98
2.4357-2.49660.29451510.21052566X-RAY DIFFRACTION98
2.4966-2.56410.27861300.20582614X-RAY DIFFRACTION98
2.5641-2.63950.26831450.20482553X-RAY DIFFRACTION98
2.6395-2.72470.27851560.19872570X-RAY DIFFRACTION98
2.7247-2.82210.28341340.18392643X-RAY DIFFRACTION98
2.8221-2.93510.26091410.19232561X-RAY DIFFRACTION98
2.9351-3.06860.22631440.20492630X-RAY DIFFRACTION98
3.0686-3.23040.29671400.19572611X-RAY DIFFRACTION98
3.2304-3.43270.27381370.18992618X-RAY DIFFRACTION98
3.4327-3.69770.19971390.17152599X-RAY DIFFRACTION98
3.6977-4.06960.18961220.14322617X-RAY DIFFRACTION98
4.0696-4.6580.18441520.1432517X-RAY DIFFRACTION97
4.658-5.86670.22141160.20142604X-RAY DIFFRACTION97
5.8667-46.37920.24711250.21582540X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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