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- PDB-4n4b: Crystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase PaAbf62A fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n4b
タイトルCrystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase PaAbf62A from Podospora anserina
要素GH62 arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / Beta-Propeller / hemicellulose binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / xylan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 62, arabinosidase / Glycosyl hydrolase family 62 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Podospora anserina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Siguier, B. / Dumon, C. / Mourey, L. / Tranier, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: First Structural Insights into alpha-L-Arabinofuranosidases from the Two GH62 Glycoside Hydrolase Subfamilies.
著者: Siguier, B. / Haon, M. / Nahoum, V. / Marcellin, M. / Burlet-Schiltz, O. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Mourey, L. / O'Donohue, M.J. / Berrin, J.G. / Tranier, S. / Dumon, C.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH62 arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8375
ポリマ－40,1981
非ポリマー6394
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.410, 66.830, 60.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

1PE

21A-1176-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GH62 arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase PaAbf62A


分子量: 40198.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Podospora anserina (菌類) / 株: S Mat+ / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
参照: UniProt: E2GHW5, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.2M Calcium chloride 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→45 Å / Num. all: 65750 / Num. obs: 60688 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.56 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 21.86
反射 シェル解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.26 / Num. unique all: 3880 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4N1I

4n1i


解像度: 1.44→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.709 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15192 3039 5 %RANDOM
Rwork0.12812 ---
obs0.12931 57650 92.51 %-
all-65231 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.05 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 0 37 415 2974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.022707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5211.9273715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0163.0015550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6695338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77224.559136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33315382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6971.2161299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6821.2131297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.581.8261627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5821.8281628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8231.4281408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8231.4281408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0642.0532080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.20111.93459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.86610.9843233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.477 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 202 -
Rwork0.162 3668 -
obs--80.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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