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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n3v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.89 A resolution with product added | ||||||
![]() | Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE | ||||||
![]() | LYASE / SnoaL-like domain / PF13577 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.89 A resolution with product added 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4l8pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: UNL / End label comp-ID: UNL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 180 / Label seq-ID: 19
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21958.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 13275 / 遺伝子: baiE, CLOHIR_00079 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 199分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-168) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M citric acid pH 5.0, Additive: 0.001 M 3-oxo-delta 4,6, Lithocholyl Coenzyme A, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999947 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.89→47.414 Å / Num. obs: 34715 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.185 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 362385 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4L8P 解像度: 1.89→47.414 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 5.543 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED IN A POCKET FORMED BY PROTOMERS FROM TWO ADJACENT TRIMERS IN THE CRYSTAL LATTICE. THIS UNL MAY REPRESENT THE ADDED PRODUCT COMPOUND, 3-OXO-DELTA 4,6, LITHOCHOLYL COENZYME A. HOWEVER, THE 2-FOLD DISORDER OF THE SITE AND LIKELY PARTIAL OCCUPANCY PREVENTS DEFANITIVIE ASSIGNEMNT OF THESE DENSITY FEATURES. 6. A ZINC ION (ZN2+) IS MODELED BASED ON A PEAK IN THE ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP. THE ZINC ASSIGNMENT WAS TENATIVLY BASED ON THE PRESENCE OF ENDOGENOUS ZINC IN A HOMOLOG STRUCTURE AND COULD REPRESENT A DIFFERENT METAL ION. X-RAY FLUORESCENCE SPECTRA WERE NOT AVAILABLE FOR THIS CRYSTAL. 7. THE MODELED CITRIC ACID (CIT), PEG FRAGMENT (1PE), 1,2- ETHANEDIOL AND SODIUM ION (NA1+) ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, CRYO SOLUTION AND PROTEIN BUFFER. 8. THE SCATTERING FACTORS FOR SODIUM, SULFUR, AND ZINC ATOMS WERE ADJUSTED BY REFMAC 5.7.0032 TO ACCOUNT FOR ANOMALOUS DISPERSION BASED ON THE WAVELENGTH 0.9999 A (NA F'= 0.06, S F'= 0.19, ZN F'= -0.35). THE CROMER MANN VALUES LISTED IN THE CIF VERSION OF THE FILE INCLUDE THIS CORRECTION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.78 Å2 / Biso mean: 35.823 Å2 / Biso min: 15.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→47.414 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 24935 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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