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- PDB-4n3v: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_0007... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3v
タイトルCrystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.89 A resolution with product added
要素Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
キーワードLYASE / SnoaL-like domain / PF13577 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


bile-acid 7alpha-dehydratase / bile-acid 7alpha-dehydratase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Unknown ligand / Bile acid 7-alpha dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium hiranonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.89 A resolution with product added
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
B: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,77912
ポリマ-43,9182
非ポリマー86110
3,405189
1
A: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

A: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

A: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,61921
ポリマ-65,8763
非ポリマー1,74318
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
2
B: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

B: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

B: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,71815
ポリマ-65,8763
非ポリマー84212
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.282, 84.282, 311.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

ZN

21A-202-

NA

31A-203-

CIT

41A-203-

CIT

51B-201-

ZN

61B-202-

NA

71B-203-

CIT

81B-203-

CIT

91A-378-

HOH

101B-409-

HOH

111B-410-

HOH

121B-411-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: UNL / End label comp-ID: UNL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 180 / Label seq-ID: 19

Dom-IDEnd label alt-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AAA - H
2BBB - I

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE / Bile acid 7a-dehydratase


分子量: 21958.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium hiranonis (バクテリア)
: DSM 13275 / 遺伝子: baiE, CLOHIR_00079 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q9RB47, bile-acid 7alpha-dehydratase

-
非ポリマー , 7種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-168) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M citric acid pH 5.0, Additive: 0.001 M 3-oxo-delta 4,6, Lithocholyl Coenzyme A, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999947
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→47.414 Å / Num. obs: 34715 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.185 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 362385
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.89-1.947.20.8852.51789124860.350.95398.8
1.94-1.999.50.6233.92336424660.2110.658100
1.99-2.05110.4515.72676524320.1420.473100
2.05-2.11110.3487.12549123140.1090.365100
2.11-2.18110.2598.92507822780.0810.272100
2.18-2.26110.2319.92400821850.0730.242100
2.26-2.34110.18511.72357221420.0580.194100
2.34-2.44110.16512.92229120290.0520.173100
2.44-2.55110.13814.92184419920.0440.145100
2.55-2.6710.90.11517.52027118540.0360.1299.9
2.67-2.8210.90.09121.51962318040.0290.095100
2.82-2.9910.80.07325.21832516890.0230.076100
2.99-3.1910.70.05831.11723816080.0190.061100
3.19-3.4510.50.04937.41576115000.0160.051100
3.45-3.7810.30.04144.71412413770.0130.043100
3.78-4.2310.30.03647.51299012670.0120.038100
4.23-4.8810.50.03253.31170911180.010.033100
4.88-5.9810.50.03348.999709540.0110.035100
5.98-8.4510.30.0314878957690.010.033100
8.45-47.419.30.02551.741724500.0080.02699.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L8P
解像度: 1.89→47.414 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 5.543 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED IN A POCKET FORMED BY PROTOMERS FROM TWO ADJACENT TRIMERS IN THE CRYSTAL LATTICE. THIS UNL MAY REPRESENT THE ADDED PRODUCT COMPOUND, 3-OXO-DELTA 4,6, LITHOCHOLYL COENZYME A. HOWEVER, THE 2-FOLD DISORDER OF THE SITE AND LIKELY PARTIAL OCCUPANCY PREVENTS DEFANITIVIE ASSIGNEMNT OF THESE DENSITY FEATURES. 6. A ZINC ION (ZN2+) IS MODELED BASED ON A PEAK IN THE ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP. THE ZINC ASSIGNMENT WAS TENATIVLY BASED ON THE PRESENCE OF ENDOGENOUS ZINC IN A HOMOLOG STRUCTURE AND COULD REPRESENT A DIFFERENT METAL ION. X-RAY FLUORESCENCE SPECTRA WERE NOT AVAILABLE FOR THIS CRYSTAL. 7. THE MODELED CITRIC ACID (CIT), PEG FRAGMENT (1PE), 1,2- ETHANEDIOL AND SODIUM ION (NA1+) ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, CRYO SOLUTION AND PROTEIN BUFFER. 8. THE SCATTERING FACTORS FOR SODIUM, SULFUR, AND ZINC ATOMS WERE ADJUSTED BY REFMAC 5.7.0032 TO ACCOUNT FOR ANOMALOUS DISPERSION BASED ON THE WAVELENGTH 0.9999 A (NA F'= 0.06, S F'= 0.19, ZN F'= -0.35). THE CROMER MANN VALUES LISTED IN THE CIF VERSION OF THE FILE INCLUDE THIS CORRECTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 1748 5 %RANDOM
Rwork0.1879 32963 --
obs0.1894 34711 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.78 Å2 / Biso mean: 35.823 Å2 / Biso min: 15.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.55 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→47.414 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 124 189 3035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9144071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82336261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3485354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12724.898147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19415524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4361512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3344.2751371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3184.2711370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3727.9421722
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 24935 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 108 -
Rwork0.259 2363 -
all-2471 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4517-0.15580.49921.3094-0.40380.58710.01650.03710.13930.00410.05540.1684-0.1368-0.1021-0.07190.06890.040.03030.04630.02360.069434.843335.5881138.3082
21.28390.1644-0.29091.0744-0.15370.7790.0303-0.0788-0.1190.03050.0360.11790.0746-0.0767-0.06640.0224-0.0109-0.01430.01840.02150.073635.069561.6281117.7408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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