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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n3m | ||||||
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タイトル | Joint neutron/X-ray structure of urate oxidase in complex with 8-azaxanthine | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / urate oxidase / uricase | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 中性子回折 / ![]() | ||||||
![]() | Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Budayova-Spano, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The neutron structure of urate oxidase resolves a long-standing mechanistic conundrum and reveals unexpected changes in protonation. 著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / El-Hajji, M. / Ryde, U. / Budayova-Spano, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-DOD / |
-実験情報
-実験
実験 |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: temperature-controlled batch / pH: 8.5 詳細: 5 % PEG 8000, 0.1 M NaCl, 0.1 M TrisHCl pD 8.5, 8 mg/ml urate oxidase, temperature-controlled batch, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Entry-ID: 4N3M
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反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.904→48.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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