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- PDB-4n3m: Joint neutron/X-ray structure of urate oxidase in complex with 8-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3m
タイトルJoint neutron/X-ray structure of urate oxidase in complex with 8-azaxanthine
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / urate oxidase / uricase
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / DEUTERATED WATER / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.919 Å
データ登録者Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Budayova-Spano, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The neutron structure of urate oxidase resolves a long-standing mechanistic conundrum and reveals unexpected changes in protonation.
著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / El-Hajji, M. / Ryde, U. / Budayova-Spano, M.
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation ...diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / refine / refine_ls_shell
Item: _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.pdbx_collection_date ..._diffrn_detector.details / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3954
ポリマ－34,1841
非ポリマー2123
水3,045169
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,58116
ポリマ－136,7344
非ポリマー84612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area23440 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area41820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.200, 96.200, 105.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: temperature-controlled batch / pH: 8.5
詳細: 5 % PEG 8000, 0.1 M NaCl, 0.1 M TrisHCl pD 8.5, 8 mg/ml urate oxidase, temperature-controlled batch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
SEALED TUBEOTHER11.54
NUCLEAR REACTOROTHER23.25-4.35
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2008年4月28日Xenocs
CUSTOM-MADE2IMAGE PLATE2008年8月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Multilayer mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni/Ti wavelength filterLAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
23.251
34.351
反射

Entry-ID: 4N3M

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.9-61.43233622336273.20.14119.2
1.92-5096.50.042219.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-20.2362.6145.2
1.92-2.040.1448.53284.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LADI-IIIsoftwareデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)FOM work R setSU MLDiffraction-IDσ(F)位相誤差
1.919-33.029X-RAY DIFFRACTION6624.4111.820.17230.13980.141415192886130380596.250.79830.1411.9916.44
1.904-48.1NEUTRON DIFFRACTION0.26720.23980.24121139231994.9171.820
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.919→33.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 0 13 169 2491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0144983
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.4858588
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4321290
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104367
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.008805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9191-1.98770.24841180.1872234X-RAY DIFFRACTION76
1.9877-2.06730.21981530.15722910X-RAY DIFFRACTION98
2.0673-2.16140.16551540.1432932X-RAY DIFFRACTION99
2.1614-2.27530.18441550.14072928X-RAY DIFFRACTION99
2.2753-2.41780.18071550.14422945X-RAY DIFFRACTION99
2.4178-2.60440.19271560.15192973X-RAY DIFFRACTION100
2.6044-2.86640.20821570.15592980X-RAY DIFFRACTION100
2.8664-3.28080.19061590.14843010X-RAY DIFFRACTION100
3.2808-4.13220.14041580.12213022X-RAY DIFFRACTION100
4.1322-33.03380.13381540.12042927X-RAY DIFFRACTION93
1.9038-1.99050.3628830.36631586NEUTRON DIFFRACTION42
1.9905-2.09540.34161010.32952027NEUTRON DIFFRACTION53
2.0954-2.22670.31761220.2982307NEUTRON DIFFRACTION61
2.2267-2.39860.33871470.27242582NEUTRON DIFFRACTION68
2.3986-2.640.30081500.24582936NEUTRON DIFFRACTION77
2.64-3.0220.28221690.23173203NEUTRON DIFFRACTION84
3.022-3.80710.22751720.20633555NEUTRON DIFFRACTION92
3.8071-48.11530.20521950.19743864NEUTRON DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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