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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n3d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dimeric variant EGFP-K162Q in P61 space group | ||||||
![]() | Green fluorescent protein | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / EGFP / green fluorescent protein / beta-barrel / Thr-Tyr-Gly chromophore / Fluorescent biomarker | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Pletnev, S.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three dimensional structure of the dimeric gene-engineered variant of green fluorescent protein egfp-K162Q in P61 crystal space group 著者: Pletneva, N.V. / V Pletnev, S. / Bogdanov, A.M. / Goryacheva, E.A. / Artemyev, I.V. / Souslova, E.A. / Arkhipova, S.F. / Pletnev, V.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27448.816 Da / 分子数: 2 / 変異: K162Q, H231L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EGFP-K162Q 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Two microliters of protein 10mg/ml in buffer 20 Tris 8.0 100 NaCl mixed with equal amount of resevoir solution - 0.056 NaH2PO4, 1.344 M K2HPO4 pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 122157 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.77 Å2 / Biso mean: 18.3799 Å2 / Biso min: 4.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→22.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.343→1.377 Å / Total num. of bins used: 20
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