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- PDB-4n0b: Crystal structure of Bacillus subtilis GabR, an autorepressor and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0b
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis GabR, an autorepressor and transcriptional activator of GabT
要素HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / Winged helix domain / type-I aminotransferase-like fold / Transcription factor / activator / autorepressor
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD combined with molecular replacement / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Edayathumangalam, R. / Wu, R. / Garcia, R. / Wang, Y. / Wang, W. / Kreinbring, C.A. / Bach, A. / Liao, J. / Stone, T. / Terwilliger, T. ...Edayathumangalam, R. / Wu, R. / Garcia, R. / Wang, Y. / Wang, W. / Kreinbring, C.A. / Bach, A. / Liao, J. / Stone, T. / Terwilliger, T. / Hoang, Q.Q. / Belitsky, B.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis GabR, an autorepressor and transcriptional activator of gabT.
著者: Edayathumangalam, R. / Wu, R. / Garcia, R. / Wang, Y. / Wang, W. / Kreinbring, C.A. / Bach, A. / Liao, J. / Stone, T.A. / Terwilliger, T.C. / Hoang, Q.Q. / Belitsky, B.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
C: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
D: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,26311
ポリマ－221,8734
非ポリマー3907
水99155
1
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1556
ポリマ－110,9362
非ポリマー2194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area40830 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
D: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1075
ポリマ－110,9362
非ポリマー1713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area40600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.248, 101.330, 211.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 55468.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.0039
シンクロトロンAPS 19-BM20.9792
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00391
20.97921
反射解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 57413 / Biso Wilson estimate: 60.99 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.3_1472精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: SAD combined with molecular replacement
解像度: 2.705→29.634 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 2497 4.95 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2181 50478 87.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 318.83 Å2 / Biso mean: 77.7783 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→29.634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15165 0 11 55 15231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55220876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0222275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3815938
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7049-2.75690.4384850.32131949203465
2.7569-2.81310.35081340.31022284241876
2.8131-2.87420.381270.3062342246978
2.8742-2.9410.35521150.30212182229773
2.941-3.01450.34441220.28912330245277
3.0145-3.09590.36161310.29082471260282
3.0959-3.18690.32861350.28212622275786
3.1869-3.28970.30061410.26472658279988
3.2897-3.40710.35351340.25642710284490
3.4071-3.54330.28691490.23142793294292
3.5433-3.70430.261470.23052837298493
3.7043-3.89920.28251430.21792860300393
3.8992-4.14280.26681440.20292818296293
4.1428-4.46170.22571470.18222917306496
4.4617-4.90890.22451700.18152936310696
4.9089-5.6150.21531560.19232986314297
5.615-7.05850.24641270.20893096322398
7.0585-29.63590.19661900.17683190338099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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