PDB-4mzj: Crystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mzj

タイトル

Crystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex with pGly[801,805], a stapled myoA tail peptide

要素

Myosin A tail domain interacting protein
Myosin-A

キーワード

PROTEIN BINDING/inhibitor / Actomyosin motor / Stapled peptides / PROTEIN BINDING-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.474 Å

データ登録者

Douse, C.H. / Garnett, J.A. / Maas, S.J. / Cota, E. / Tate, E.W.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Stapled and Hydrogen Bond Surrogate Peptides Targeting a Fully Buried Protein-Helix Interaction.
著者: Douse, C.H. / Maas, S.J. / Thomas, J.C. / Garnett, J.A. / Sun, Y. / Cota, E. / Tate, E.W.

履歴

登録	2013年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mzj.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mzj.ent.gz	62.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mzj_validation.pdf.gz	409.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mzj_full_validation.pdf.gz	409.9 KB	表示
XML形式データ	4mzj_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	4mzj_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mzkC 4mzlC 4aomS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mzk-d 4mzl-2 4r1e-d 1ha4-d 4mzl-1 5qu2-d 4aom-d 4zcu-2 2qac-d 3nti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (6) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myosin A tail domain interacting protein

T: Myosin-A

18.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.380, 53.980, 75.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myosin A tail domain interacting protein 分子量: 16498.234 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 61-204 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: MTIP, PFL2225w / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8I4W8
#2: タンパク質・ペプチド	Myosin-A / PfM-A タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 2163.717 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 799-816 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesised peptide mimic of Plasmodium falciparum myosin A tail 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8IDR3, Myosin-A, stapled peptide
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PEPTIDE CORRESPONDING TO CHAIN T IS A STAPLED PEPTIDE. THE NLE T 801 AND NLE T 805 ARE CYCLIZED ...THE PEPTIDE CORRESPONDING TO CHAIN T IS A STAPLED PEPTIDE. THE NLE T 801 AND NLE T 805 ARE CYCLIZED THROUGH THEIR SIDE CHAINS AND DOUBLE BOND INVOLVING CE ATOMS. SEE LINK RECORDS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir solution: 20% PEG 3350, 0.2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月25日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→37.8 Å / Num. all: 26670 / Num. obs: 26460 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 33.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.47-1.51	6.9	0.86	2.9	1860	1	95.6
6.59-37.81	9.9	0.025	93.9	360	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Adxv	data processing
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
Aimless	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4AOM

4aom

解像度: 1.474→37.8 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2158	1342	5.1 %	Random
R_work	0.1798	-	-	-
obs	-	26404	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.034 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.474→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1262	0	0	154	1416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.047	500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4744-1.5028	0.3051	135	0.3096	2494	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5028-1.5335	0.3118	106	0.2687	2568	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5335-1.5668	0.2582	156	0.2547	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5668-1.6033	0.2542	121	0.2234	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6033-1.6434	0.2364	139	0.2093	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6434-1.6878	0.2053	157	0.2086	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.7375	0.2401	131	0.1974	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7375-1.7935	0.2725	145	0.1967	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7935-1.8576	0.1925	138	0.1888	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8576-1.932	0.2287	131	0.1796	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.932-2.0199	0.2074	159	0.182	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0199-2.1264	0.1998	139	0.1759	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1264-2.2596	0.1835	163	0.1681	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2596-2.4341	0.1961	158	0.1749	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4341-2.679	0.2378	137	0.1818	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.679-3.0665	0.2081	150	0.1741	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0665-3.8628	0.2043	138	0.1586	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8628-37.8274	0.2011	125	0.1578	2631	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4209	-1.0033	2.1098	5.0229	-0.8963	5.8176	0.0471	0.1124	-1.1108	0.6845	0.1265	0.0074	0.5648	-0.2631	-0.0378	0.3573	-0.0478	-0.0033	0.2749	-0.0425	0.4991	14.22	-13.8216	5.986
2	3.6297	-1.0738	-1.482	3.067	0.743	5.0961	0.1055	0.2527	0.0133	-0.2602	-0.0742	-0.1102	0.05	0.0669	-0.0366	0.1288	0.0039	-0.0085	0.1128	0.0089	0.1088	20.3316	-2.1119	-0.3078
3	5.4474	-3.9843	-0.6685	4.892	1.5831	3.0573	-0.0255	-0.296	0.4082	-0.0185	0.1786	-0.4166	-0.1152	0.1374	-0.133	0.1282	-0.0182	-0.0338	0.1269	-0.0191	0.159	26.9462	-0.7504	13.3993
4	5.5574	-1.4662	-0.7993	3.1806	0.5953	5.9543	0.0733	0.0369	-0.0765	0.0645	0.0159	-0.0749	0.2489	0.2636	-0.0697	0.1191	0.0077	-0.0165	0.1058	-0.0098	0.1268	24.7859	-6.3703	5.687
5	4.1693	-2.3882	-3.6547	6.937	1.595	3.7119	-0.3468	-0.0079	-0.3862	0.5964	0.0254	0.8013	-0.0024	-0.0074	0.2746	0.2188	-0.0206	0.0814	0.1653	-0.0354	0.2607	9.6651	-4.9016	15.9521
6	6.6698	1.6059	-0.2507	2.0448	1.2554	5.966	-0.0002	-0.1906	-0.4746	0.4422	0.0591	-0.2396	0.2226	-0.0333	-0.0293	0.1529	0.0079	0.0104	0.2015	0.0258	0.1478	3.8158	6.7951	22.7105
7	5.6671	-0.3282	0.0132	3.7308	-0.113	1.7741	0.08	-0.0562	0.1235	0.0401	0.0349	0.0025	-0.2254	-0.1703	-0.1209	0.1601	0.0135	0.0069	0.1348	-0.0229	0.1029	6.5769	16.7288	18.869
8	9.0278	0.2214	0.3326	4.4726	-0.5345	3.7437	0.1813	0.8254	0.7651	-0.5926	-0.0917	0.2358	-0.2363	-0.1968	-0.0768	0.3046	0.0581	-0.0135	0.2184	0.0465	0.1762	5.2879	17.6653	7.983
9	6.1387	-1.0042	-0.6128	7.1667	0.8743	4.9793	0.1324	0.3207	-0.296	-0.1904	-0.1339	0.5285	-0.0035	-0.288	0.0035	0.111	-0.0254	-0.0198	0.2076	-0.0183	0.1662	-0.2618	8.3389	13.6524
10	5.0936	-0.37	-0.2715	5.4434	0.5637	8.2319	0.0794	-0.0003	-0.005	0.0561	-0.0372	-0.0795	-0.1624	-0.1587	-0.0219	0.0921	0.0022	0.0055	0.0997	-0.0199	0.1537	11.5647	6.459	14.3785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 63:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 74:107)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 108:118)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 119:134)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 135:140)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 141:151)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 152:176)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 177:191)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 192:204)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'T' and (resseq 799:816)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)