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- PDB-4mz1: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mz1
タイトルCrystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound P12
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2F1 / ACETIC ACID / INOSINIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3991 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound P12
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,51524
ポリマ－123,1603
非ポリマー3,35621
水3,639202
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,77932
ポリマ－164,2134
非ポリマー4,56628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area24600 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area49250 Å2
手法PISA
2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,78332
ポリマ－164,2134
非ポリマー4,57128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area25610 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area49580 Å2
手法PISA
3
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,50032
ポリマ－164,2134
非ポリマー4,28728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area24230 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area51590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.062, 118.062, 435.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

PO4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 41053.176 Da / 分子数: 3 / 断片: IMPDH-delta-S-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: guaB, Cj1058c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q0P9J4, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 223分子

#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-2F1 / 1-(4-bromophenyl)-3-{2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}urea


分子量: 373.287 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21BrN2O
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 1.2 M NaH(2)PO4/0.8 M K(2)HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. all: 58784 / Num. obs: 58784 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 33.98 Å2 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.399→2.44 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2723 / Rsym value: 0.706 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1367)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MYA

4mya


解像度: 2.3991→45.574 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2968 5.05 %random
Rwork0.172 ---
all0.174 58736 --
obs0.174 58736 96.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3991→45.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7945 0 199 202 8346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1511258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2163086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3991-2.43840.28671220.24962480260291
2.4384-2.48050.23891220.21892566268895
2.4805-2.52560.27521460.20312636278297
2.5256-2.57410.30441450.21062639278498
2.5741-2.62670.24881250.20092669279498
2.6267-2.68380.27051510.19312663281498
2.6838-2.74620.26591640.20662628279298
2.7462-2.81490.24171210.20722697281898
2.8149-2.8910.30871370.20582665280298
2.891-2.9760.24351540.20162644279898
2.976-3.0720.24261300.20742687281798
3.072-3.18180.25741450.19692683282898
3.1818-3.30920.22491580.18792635279398
3.3092-3.45970.24571620.17882665282798
3.4597-3.64210.21221440.16042656280097
3.6421-3.87010.16961630.15412651281497
3.8701-4.16880.17731330.12792679281297
4.1688-4.58790.16571450.12342680282597
4.5879-5.2510.15461330.12452678281195
5.251-6.61250.18711320.1692716284895
6.6125-45.58250.16971360.17162751288791
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8344-0.21430.01160.735-0.09841.6008-0.002-0.0711-0.03580.06180.01090.13240.0924-0.0812-0.0060.226-0.01810.03150.18030.0420.19136.498242.88627.2249
21.9319-0.6103-0.15792.53410.11851.77630.07140.4028-0.28760.1973-0.24210.58270.3208-0.50460.13190.2668-0.07850.01390.4138-0.01090.407117.642545.046219.1224
30.3965-0.2223-0.09980.36730.3020.23730.009-0.02790.03510.11750.04330.1018-0.0084-0.1111-0.0390.2364-0.01520.04380.25990.03920.254630.538853.454930.8742
40.5313-0.1495-0.81861.7314-0.18962.07830.00170.13710.2025-0.30360.1097-0.0646-0.1174-0.1398-0.0340.31990.01010.01950.2539-0.01010.192936.596649.70753.7341
50.49920.3125-0.0440.83480.13161.24960.04360.09560.0451-0.2523-0.0688-0.1292-0.00090.04520.00140.1819-0.02830.01680.2027-0.01540.189336.929548.207415.9137
61.33250.2112-0.75251.01340.06641.06480.00080.03660.12470.02660.10420.0560.0695-0.0167-0.02040.23830.0196-0.03250.28990.05610.25651.048341.706924.9364
71.8926-0.0657-0.33120.66540.37651.1890.0347-0.09860.13140.09250.0241-0.098-0.05060.0461-0.06560.27440.0022-0.02310.2235-0.00950.242318.745119.943495.6913
81.5202-0.3135-0.00672.17240.36261.4793-0.0910.13960.07850.01140.1262-0.3799-0.27710.2573-0.01360.2483-0.07260.0110.2854-0.03680.214637.995321.765488.1654
90.5038-0.40130.21220.5924-0.10260.5848-0.0307-0.09050.09870.06740.0312-0.07260.0196-0.0446-0.03360.2254-0.0186-0.01510.2017-0.03740.211726.729911.04699.6751
100.9018-0.0852-0.02130.79440.11091.03510.01990.1205-0.022-0.0412-0.04720.08490.08040.13930.02190.23540.0146-0.00090.2267-0.00230.18619.893614.044580.4241
111.06170.37130.55411.05680.05930.92760.0211-0.09530.0455-0.02290.00350.1222-0.05270.02920.02240.2227-0.0130.01030.2296-0.01790.2434.430318.592493.5581
120.6605-0.4369-0.19391.37150.06311.22910.03790.06030.1092-0.1228-0.04880.0191-0.0927-0.10330.0130.20350.02090.04070.2540.03050.269812.412625.096441.5837
132.8478-0.37390.03830.9374-0.07381.23860.0633-0.35240.31750.1696-0.00240.0333-0.3232-0.1408-0.04660.2881-0.00260.10950.2336-0.01460.39463.715441.82753.0568
141.02270.3293-0.25821.6598-0.18341.15150.01940.09620.2067-0.00950.0316-0.0343-0.03740.0592-0.03940.2422-0.0030.02810.26010.04340.30674.052633.351740.5887
151.41140.51240.74041.04660.12271.36210.0039-0.25990.03270.06330.07250.0736-0.1726-0.1462-0.02840.25370.02750.02760.3044-0.00060.18890.093624.416561.1444
161.05780.0303-0.0381.10150.25291.26280.08530.26720.1165-0.17870.0708-0.1808-0.08470.1223-0.08490.16880.01760.03310.23950.01770.213117.799216.846740.2397
172.62990.2170.77860.44-0.95882.73320.0305-0.17480.08970.2329-0.11190.30850.1961-0.2603-0.14440.3179-0.01250.04670.2751-0.0160.342716.03977.034756.5096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 361 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 362 through 382 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 383 through 441 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 442 through 482 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 63 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 236 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 237 through 361 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 362 through 441 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 442 through 482 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 62 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 63 through 86 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 87 through 361 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 362 through 422 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 423 through 466 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 467 through 482 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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