[日本語] English
万見
- PDB-4mxv: Structure of Lymphotoxin alpha bound to anti-LTa Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mxv
タイトルStructure of Lymphotoxin alpha bound to anti-LTa Fab
要素
  • Lymphotoxin-alpha
  • anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
  • anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / TNF / Tumor Necrosis Factor / TNFR Receptor / lymphotoxin beta receptor / lymphotoxin alpha / Lymphoid development / Tumor immunity / Auto-immunity / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor receptor binding / humoral immune response / lymph node development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / response to nutrient ...positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor receptor binding / humoral immune response / lymph node development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / response to nutrient / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lymphotoxin-alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Lymphotoxin-alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yin, J.P. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Dimerization of LT beta R by LT alpha 1 beta 2 is necessary and sufficient for signal transduction.
著者: Sudhamsu, J. / Yin, J. / Chiang, E.Y. / Starovasnik, M.A. / Grogan, J.L. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lymphotoxin-alpha
B: Lymphotoxin-alpha
D: Lymphotoxin-alpha
E: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
F: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
L: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
H: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
X: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
Y: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,8099
ポリマ－189,8099
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.847, 209.847, 130.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Lymphotoxin-alpha / LT-alpha / TNF-beta / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 1


分子量: 17313.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA, TNFB, TNFSF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01374
#2: 抗体 anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain / anti-LT-alpha antibody light chain


分子量: 23065.541 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain / anti-LT-alpha antibody heavy chain


分子量: 22890.713 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG6000, 2 M sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月29日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 46756 / Num. obs: 46756 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.2-3.311100
3.31-3.451100
3.45-4.031100
4.03-5.471100
5.47-6.891100
6.89-50199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1TNR AND 1FVE

1tnr

1fve


解像度: 3.2→29.796 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2796 5.98 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1807 46756 96.76 %-
all-46756 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12881 0 0 0 12881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30318013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7594670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0832007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.25530.34555020.27961648X-RAY DIFFRACTION90
3.2553-3.314400.26652188X-RAY DIFFRACTION92
3.3144-3.37800.24152213X-RAY DIFFRACTION92
3.378-3.446900.22452257X-RAY DIFFRACTION95
3.4469-3.52170.2494390.21031851X-RAY DIFFRACTION96
3.5217-3.603500.20472271X-RAY DIFFRACTION96
3.6035-3.693500.20122276X-RAY DIFFRACTION96
3.6935-3.79310.26623810.20631922X-RAY DIFFRACTION97
3.7931-3.904500.1772330X-RAY DIFFRACTION97
3.9045-4.030300.16562350X-RAY DIFFRACTION98
4.0303-4.17390.2233220.16512011X-RAY DIFFRACTION98
4.1739-4.340600.14572395X-RAY DIFFRACTION99
4.3406-4.53750.1882780.13742069X-RAY DIFFRACTION98
4.5375-4.775800.13242390X-RAY DIFFRACTION99
4.7758-5.07360.18912470.13442125X-RAY DIFFRACTION98
5.0736-5.46310.175130.14742391X-RAY DIFFRACTION98
5.4631-6.00890.20721900.16612219X-RAY DIFFRACTION98
6.0089-6.86910.2631320.1762300X-RAY DIFFRACTION99
6.8691-8.61940.21391870.17752271X-RAY DIFFRACTION99
8.6194-29.79760.22641150.19652483X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る