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- PDB-4mxp: Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mxp
タイトルStructural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM
要素Defects in Rab1 recruitment protein A
キーワードPI(4)P-BINDING PROTEIN / Protein-lipid complex / Guanine Nucleotide Exchange Factor / Rab1 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein guanylyltransferase activity / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / Ferritin ...Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DB4 / Multifunctional virulence effector protein DrrA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Del Campo, C.M. / Mishra, A.K. / Wang, Y.H. / Roy, C.R. / Janmey, P.A. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM.
著者: Del Campo, C.M. / Mishra, A.K. / Wang, Y.H. / Roy, C.R. / Janmey, P.A. / Lambright, D.G.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defects in Rab1 recruitment protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6923
ポリマ－37,1141
非ポリマー5772
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.552, 128.552, 53.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Defects in Rab1 recruitment protein A / Multifunctional virulence effector protein DrrA / Adenosine monophosphate-protein transferase / ...Multifunctional virulence effector protein DrrA / Adenosine monophosphate-protein transferase / AMPylator / Guanosine monophosphate-protein transferase / GMPylator / Rab1 guanine nucleotide exchange factor


分子量: 37114.199 Da / 分子数: 1 / 断片: GEF and P4M domains, UNP residues 330-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: drrA, lpg2464, sidM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZSQ3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-DB4 / (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate


分子量: 554.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O16P2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4-6% PEG 3350, 100 mM Tris, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 38272 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L0M

3l0m


解像度: 1.83→26.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.266 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 1906 5 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
all0.1896 ---
obs0.1896 38240 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.79 Å2 / Biso mean: 27.0265 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→26.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 36 195 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.221.9883409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73535740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9225313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4125.752113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08515507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7091512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5022.4421243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4982.441242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2733.6561553
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 --
Rwork0.239 2649 -
all-2787 -
obs-1734 92.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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