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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mxm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of superantigen pfit | ||||||
![]() | Transcriptional regulator I2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Superantigen | ||||||
機能・相同性 | Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, L.H. / Chen, H. / Li, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pfit is a structurally novel Crohn's disease-associated superantigen. 著者: Liu, L. / Chen, H. / Brecher, M.B. / Li, Z. / Wei, B. / Nandi, B. / Zhang, J. / Ling, H. / Winslow, G. / Braun, J. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22953.010 Da / 分子数: 2 / 断片: transcriptional regulator I2: unp residues 10-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4-8% PEG 3350, 0.1 M Tris, 0.2 M ammonium acetate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5% isopropanol, and 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97905 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→45.7 Å / Num. all: 35150 / Num. obs: 35150 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.694 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.594 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.212 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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