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- PDB-4mo7: Crystal structure of superantigen PfiT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mo7
タイトルCrystal structure of superantigen PfiT
要素Transcriptional regulator I2
キーワードTRANSCRIPTION / TetR / Superantigen
機能・相同性Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BETA-MERCAPTOETHANOL / :
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens A506 (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Liu, L.H. / Chen, H. / Li, H.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Pfit is a structurally novel Crohn's disease-associated superantigen.
著者: Liu, L. / Chen, H. / Brecher, M.B. / Li, Z. / Wei, B. / Nandi, B. / Zhang, J. / Ling, H. / Winslow, G. / Braun, J. / Li, H.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator I2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7403
ポリマ－23,6371
非ポリマー1022
水2,000111
1
A: Transcriptional regulator I2
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator I2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4796
ポリマ－47,2742
非ポリマー2054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_857-x+3,y,-z+21
Buried area2390 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.226, 93.661, 53.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

MG

21A-357-

HOH

31A-384-

HOH

41A-388-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator I2


分子量: 23637.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens A506 (蛍光菌)
遺伝子: pfiT, PflA506_3695 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I2BPL4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4-8% PEG 3350, 0.1 M Tris, 0.2 M ammonium acetate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5% isopropanol, and 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.04023 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月11日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 57293 / Num. obs: 18843 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1851 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.701→25.192 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 938 4.98 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1908 18840 99.32 %-
all-18840 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.804 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3004 Å20 Å2-1.3445 Å2
2---0.3717 Å2-0 Å2
3---1.6721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→25.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 5 111 1598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5722121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.408581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7006-1.79020.38511340.30542505X-RAY DIFFRACTION97
1.7902-1.90240.34421300.24412545X-RAY DIFFRACTION100
1.9024-2.04920.2451370.20842559X-RAY DIFFRACTION100
2.0492-2.25530.23671300.18112565X-RAY DIFFRACTION100
2.2553-2.58130.23041380.17052558X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-3.25110.2071380.17312580X-RAY DIFFRACTION100
3.2511-25.19430.2141310.18062590X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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