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- PDB-4mxd: 1.45 angstronm crystal structure of E.coli 2-succinyl-6-hydroxy-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mxd
タイトル1.45 angstronm crystal structure of E.coli 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase (MenH)
要素2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
キーワードLYASE / Open Conformation / alpha/beta hydrolase fold / 2-succinyl-6-hydroxy-2 / 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sun, Y. / Yin, S. / Feng, Y. / Li, J. / Zhou, J. / Liu, C. / Zhu, G. / Guo, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular basis of the general base catalysis of an alpha / beta-hydrolase catalytic triad.
著者: Sun, Y. / Yin, S. / Feng, Y. / Li, J. / Zhou, J. / Liu, C. / Zhu, G. / Guo, Z.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5817
ポリマ－27,9451
非ポリマー6376
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.163, 72.163, 112.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-742-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / SHCHC synthase


分子量: 27944.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2263, JW2258, menH, yfbB / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P37355, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 355分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris buffer (pH 9.0), 30% v/v glycerol, 17% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 60722 / Num. obs: 60673 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 14.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.510.90.5925.51100
1.5-1.5610.90.4251100
1.56-1.6310.90.3181100
1.63-1.7210.90.2351100
1.72-1.8310.90.1761100
1.83-1.97110.1271100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R3D

1r3d


解像度: 1.45→41.826 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.9101 / SU ML: 0.1 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 1983 3.34 %RANDOM
Rwork0.1551 ---
all0.1555 60673 --
obs0.1555 59422 97.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.79 Å2 / Biso mean: 22.9859 Å2 / Biso min: 7.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→41.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 38 349 2356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.112947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.062781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4502-1.48640.20311360.18953863399993
1.4864-1.52660.20761350.17483899403494
1.5266-1.57150.14981390.16073956409596
1.5715-1.62230.14711340.15183999413397
1.6223-1.68020.17711380.14924081421998
1.6802-1.74750.1741390.15144057419698
1.7475-1.82710.17971410.15474077421898
1.8271-1.92340.15271410.15134118425999
1.9234-2.04390.14051460.14954138428499
2.0439-2.20170.15691450.149141864331100
2.2017-2.42320.15861450.152241824327100
2.4232-2.77380.22241470.159242454392100
2.7738-3.49450.17191430.162542574400100
3.4945-41.84320.15691540.15034381453599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73120.20291.6882.0313-0.66824.13810.3087-0.5873-0.25760.4229-0.0007-0.55340.29570.79240.21970.32890.02490.00880.30760.05950.180939.232318.30221.5319
24.3642-0.77553.73560.5854-0.35993.37240.1431-0.6602-0.34860.17170.07210.20990.291-0.5258-0.09420.227-0.03640.03370.25050.05840.150222.55923.05212.4231
32.5168-0.15940.92840.5477-0.04011.180.0033-0.16540.00970.08820.01990.02120.0541-0.0613-0.02470.1230.00270.00790.12070.01080.0629.626728.31487.8773
42.4863-0.50622.19533.6079-2.50873.22980.0515-0.1985-0.24410.1673-0.1306-0.24360.46110.3832-0.01840.17790.0222-0.02450.2015-0.0030.081641.85127.483917.0235
55.31531.7986-2.17662.1112-0.85883.4815-0.0939-0.1953-0.38080.07980.0383-0.16770.51690.22910.00130.25960.0633-0.03870.1540.02210.09940.982316.232711.5146
60.3642-0.18040.08510.1646-0.57153.5480.0795-0.1659-0.2556-0.07070.0650.10640.9153-0.30030.05580.3152-0.0678-0.01360.17220.06040.139226.820815.76987.989
74.0553-0.70910.2642.17330.68152.46790.0614-0.0267-0.1466-0.0320.0114-0.00960.30610.2084-0.08870.13670.0305-0.00050.13240.01340.057639.687721.67551.163
84.40480.704-0.94914.1997-5.63537.56680.0414-0.1199-0.6213-0.2476-0.0358-0.0150.7483-0.28890.07240.2624-0.0246-0.01920.12510.01850.166531.348217.10120.1322
92.2512-1.70141.86633.7177-0.74612.20490.00770.2659-0.0849-0.11250.0574-0.2628-0.02440.4776-0.16190.11280.0070.00910.1885-0.01950.088843.897626.2876-6.0544
101.7477-0.4235-1.37924.40474.31574.7777-0.21751.4165-0.4205-0.49650.5845-0.2203-0.15170.9331-0.1520.2144-0.08920.03040.673-0.16820.379657.414527.905-2.8039
113.8191-1.43680.40154.85810.97170.4428-0.01680.13940.00250.4264-0.1661-0.0395-0.34990.24990.06510.2176-0.0723-0.03520.2657-0.02120.172754.643938.668910.7135
122.5349-0.19612.9081.9198-0.96693.6193-0.40251.0720.6803-0.5890.2710.264-0.52330.42550.06480.3484-0.1004-0.03030.42480.09670.295246.360642.98251.5361
133.9104-1.12410.19372.86031.46212.6609-0.2154-0.20960.7523-0.05070.1869-0.1468-0.74770.02150.00810.3275-0.0281-0.03510.22630.00490.294242.317643.283110.1213
140.29260.59260.19951.56381.37442.5927-0.02780.0744-0.11640.07190.2051-0.20780.11720.624-0.18380.12290.0494-0.00310.2606-0.02280.117949.552622.96581.4046
152.3064-0.7239-2.98143.35912.58044.7264-0.2202-0.1388-0.35610.00090.12310.0940.26190.1325-0.02120.2280.0385-0.0080.1307-0.00210.10836.818413.6594-8.1835
162.43570.0783-1.18416.23050.53062.68630.10330.10430.1513-0.2187-0.0283-0.012-0.1530.1141-0.0970.15050.020.03040.13210.01360.074334.163631.5187-9.4407
171.0839-0.1161-0.42496.71121.94642.98210.10560.11810.1026-0.12940.0003-0.1597-0.07060.2134-0.12150.15630.01550.03860.2007-0.00240.075140.399228.2315-12.6775
183.16520.18690.14472.01982.43643.34240.06070.26270.1404-0.4573-0.0060.0585-0.15-0.0696-0.06650.16740.04330.00390.15440.02740.071930.014832.9808-11.5326
191.4195-0.41940.22241.8680.11134.04250.05510.0030.1604-0.0212-0.1087-0.2227-0.15540.25650.0350.09370.00820.01250.09610.01970.076730.969937.179-2.8084
207.33-1.7268-1.28443.1922-1.90453.91740.13990.151-0.3166-0.3216-0.08610.12090.3046-0.01280.00460.15470.0162-0.0150.1272-0.02620.09221.236125.0849-5.5777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:3)A-2 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 4:14)A4 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 15:49)A15 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 50:56)A50 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 57:74)A57 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 75:82)A75 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 83:99)A83 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 100:108)A100 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 109:116)A109 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 117:129)A117 - 129
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 130:143)A130 - 143
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 144:156)A144 - 156
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 157:176)A157 - 176
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 177:193)A177 - 193
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 194:201)A194 - 201
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 202:210)A202 - 210
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 211:222)A211 - 222
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 223:229)A223 - 229
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 230:244)A230 - 244
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 245:252)A245 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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