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- PDB-4mx8: Crystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein Peripl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mx8
タイトルCrystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein Peripla_BP_2 from Xylanimonas cellulosilytica
要素Periplasmic binding protein
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
FatB domain / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xylanimonas cellulosilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.911 Å
データ登録者Kim, Y. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein Peripla_BP_2 from Xylanimonas cellulosilytica
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
B: Periplasmic binding protein
C: Periplasmic binding protein
D: Periplasmic binding protein
E: Periplasmic binding protein
F: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,9636
ポリマ－199,9636
非ポリマー00
水4,216234
1
A: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Periplasmic binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3271
ポリマ－33,3271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.663, 116.547, 177.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Periplasmic binding protein


分子量: 33327.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xylanimonas cellulosilytica (バクテリア)
株: DSM 15894 / 遺伝子: Xcel_1393 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D1BRG9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97897 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 81145 / Num. obs: 81145 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 54.12 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3931 / Rsym value: 0.601 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1367)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.911→49.37 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 4013 4.99 %random
Rwork0.159 ---
obs0.161 80493 96.62 %-
all-80493 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.911→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13497 0 0 234 13731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13718933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1244840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.9112-2.94540.3261910.31741830192168
2.9454-2.98130.34891140.28852474258890
2.9813-3.01910.36781430.28872495263893
3.0191-3.05880.32161430.2612609275295
3.0588-3.10070.28211070.24962556266396
3.1007-3.1450.30821230.23672715283897
3.145-3.19190.26911330.23792571270497
3.1919-3.24180.2971430.21922671281497
3.2418-3.29490.25851230.21672620274397
3.2949-3.35170.23741470.20592645279297
3.3517-3.41270.23341410.18832676281797
3.4127-3.47830.24521310.18992598272997
3.4783-3.54930.22851380.16852651278997
3.5493-3.62640.21621300.16412673280398
3.6264-3.71080.19731550.15622633278898
3.7108-3.80350.18961450.14052674281997
3.8035-3.90630.19221620.13452656281898
3.9063-4.02120.15131380.12882704284299
4.0212-4.15090.13491540.11642683283799
4.1509-4.29920.17451260.11652734286099
4.2992-4.47120.14871510.107427002851100
4.4712-4.67460.15071500.105327212871100
4.6746-4.92080.13071340.102827392873100
4.9208-5.22880.14531500.116727362886100
5.2288-5.6320.13811410.12627362877100
5.632-6.19780.20221560.14627372893100
6.1978-7.09240.1991510.155327392890100
7.0924-8.92710.17411630.142427612924100
8.9271-49.37740.18241300.17222743287397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.46930.6582-0.66593.7474-0.33172.41270.0093-0.33760.01520.33920.0048-0.2044-0.17170.1256-0.01210.2463-0.0074-0.06220.2236-0.0640.2709-17.270738.6912185.3635
21.05670.656-03.48760.42884.242-0.13650.0855-0.041-0.4541-0.0452-0.11140.5169-0.30140.14970.3466-0.03760.06480.207-0.07010.5115-11.648432.2199160.227
33.0876-0.5725-0.09664.05310.81552.7502-0.0258-0.3126-0.17390.40870.0706-0.00230.1660.0407-0.03910.23760.0044-0.00380.2150.07810.2773-32.879910.2562185.2278
42.0915-1.36770.54792.3522-0.3094.63080.11470.2773-0.1493-0.2365-0.29010.1505-0.5405-0.24270.13360.24740.0727-0.06830.2879-0.01510.4854-41.34588.66160.0255
53.46220.04370.41572.3099-0.8341.18540.21580.401-0.2614-0.4165-0.0604-0.0580.30170.1469-0.14480.74890.0468-0.01480.6321-0.11150.2807-26.11613.302296.6522
62.37920.7490.77763.14271.06396.19350.3913-0.111-0.11270.4851-0.4436-0.0072-0.2374-0.12340.04460.8271-0.1264-0.12650.439-0.01610.3961-19.197712.6773120.8402
74.08260.02560.87473.0348-0.39112.6612-0.0361-0.34930.19740.29320.07570.07480.0031-0.2127-0.03990.2169-0.00090.08740.2483-0.0380.2976-49.615137.9596185.3745
83.66920.7164-0.40721.2518-0.17753.9118-0.24280.3690.1582-0.12850.05290.0546-0.02640.63450.1540.1991-0.05540.01990.36060.08930.4937-46.850946.07160.1192
92.5681-0.0211-1.14692.6331-0.54960.85120.04470.45780.0496-0.1810.12680.2798-0.0805-0.306-0.17370.68510.0115-0.09330.75550.08250.2771-51.882131.355797.6645
102.3958-0.84820.782.8412-0.93135.8485-0.4241-0.13840.06010.7180.410.13350.08120.26760.01560.74960.28050.05870.61020.12820.4434-53.803323.4543122.8052
112.7815-0.96441.24656.36120.23970.80930.13070.28280.16990.12050.0139-0.2675-0.23080.475-0.17030.7381-0.04990.12380.6974-0.01430.2607-19.233441.88198.0621
123.09210.4455-0.17772.5491.47252.1172-0.02410.30640.1095-0.50330.2653-0.099-0.33490.034-0.2230.7353-0.06620.11260.61970.03960.2668-23.915945.233997.2441
133.53940.1197-1.06581.9671-0.06395.9275-0.0284-0.91940.16130.0230.0587-0.01770.142-0.1901-0.03830.4012-0.07820.05780.8634-0.1150.4107-27.912849.4828122.8977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 313 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 12 through 152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 153 through 313 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 13 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 135 through 313 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 12 through 152 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 153 through 313 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 13 through 152 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 153 through 313 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 13 through 68 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 69 through 152 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 153 through 313 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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