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- PDB-4mx3: Crystal Structure of PKA RIalpha Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mx3
タイトルCrystal Structure of PKA RIalpha Homodimer
要素cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / PKA / RIalpha Homodimer / Cooperative cAMP Binding / Carney Complex Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cardiac muscle cell proliferation ...PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cardiac muscle cell proliferation / cAMP-dependent protein kinase complex / sarcomere organization / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / plasma membrane raft / negative regulation of activated T cell proliferation / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / immunological synapse / cAMP binding / cellular response to glucagon stimulus / multivesicular body / regulation of protein phosphorylation / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Bruystens, J.G.H. / Wu, J. / Fortezzo, A. / Kornev, A.P. / Blumenthal, D.A. / Taylor, S.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: PKA RI alpha Homodimer Structure Reveals an Intermolecular Interface with Implications for Cooperative cAMP Binding and Carney Complex Disease.
著者: Bruystens, J.G. / Wu, J. / Fortezzo, A. / Kornev, A.P. / Blumenthal, D.K. / Taylor, S.S.
履歴
登録2013年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9506
ポリマ－85,6332
非ポリマー1,3174
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4753
ポリマ－42,8161
非ポリマー6582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4753
ポリマ－42,8161
非ポリマー6582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.672, 104.672, 218.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A121 - 184
2112B121 - 184
1122A188 - 303
2122B188 - 303
1134A310 - 373
2134B310 - 373
1141A401 - 601
2141B401 - 601

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量: 42816.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKAR1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00514
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.125 M sodium acetate (pH 5), 2M sodium formate with the protein at a final concentration of 4 mg/ml grown in a 2 ul drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.88→50 Å / Num. all: 11872 / Num. obs: 11860 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 3.88→4.02 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1145 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RGS

1rgs


解像度: 3.88→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 35.148 / SU ML: 0.492 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.706 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28671 549 4.8 %RANDOM
Rwork0.25954 ---
obs0.26082 11007 97.67 %-
all-11860 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 137.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.28 Å20 Å20 Å2
2--6.28 Å20 Å2
3----12.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.88→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4129 0 88 0 4217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9925860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8725539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.26524.421190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.79115689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.551526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213262
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1256TIGHT POSITIONAL0.10.05
1242MEDIUM POSITIONAL0.220.5
2464TIGHT POSITIONAL0.080.05
2438MEDIUM POSITIONAL0.150.5
3483MEDIUM POSITIONAL0.720.5
444TIGHT POSITIONAL0.060.05
LS精密化 シェル解像度: 3.883→3.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 41 -
Rwork0.395 761 -
obs--94.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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