PDB-4mwd: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mwd

タイトル

Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1433) and ATP analog AMPPCP

要素

Methionyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.253 Å

データ登録者

Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2013年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mwd.cif.gz	448 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mwd.ent.gz	362.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mwd_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mwd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4mwd_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	4mwd_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mvwC 4mvxC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw6C 4mw7C 4mw9C 4mwbC 4mwcC 4mweC 4eg8S 4eg1 4eg3 4eg5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eg1-2 4mvx-1 3wmc-d 4mw6-1 6ukn-d 5e6y-1 4zt4-1 4zt7-2 4ilm-2 4eg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.267, 105.880, 206.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase 分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Methionyl-tRNA synthetase

分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 534分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#6: 化合物	ChemComp-43E / 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea 分子量: 358.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇Cl₂N₃OS
#7: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.253→39.967 Å / Num. all: 91992 / Num. obs: 91992 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / R_sym value: 0.177 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.253-2.38	7.8	0.6	103840	13304	1.244	99.9
2.38-2.52	7.8	0.9	98184	12574	0.901	99.9
2.52-2.69	8.1	1.2	95303	11831	0.641	99.9
2.69-2.91	7.7	1.8	85423	11040	0.423	99.9
2.91-3.19	7.9	2.5	80600	10195	0.277	99.7
3.19-3.56	8	4.1	74083	9254	0.162	99.9
3.56-4.11	7.6	7.5	62374	8162	0.091	99.5
4.11-5.04	7.9	10.5	55632	7024	0.065	100
5.04-7.13	7.6	10.2	41359	5470	0.068	99.7
7.13-39.967	7.2	13.8	22724	3138	0.04	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.25 Å	39.97 Å
Translation	2.25 Å	39.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	refmac_5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EG8

4eg8

解像度: 2.253→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.211 / WR_factor R_work: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.356 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2114	4606	5 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.1831	91918	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.27 Å² / B_iso mean: 38.6552 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.253→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8508	0	138	517	9163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.968	12047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.729	3	19381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.508	5	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.652	23.441	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.898	15	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.696	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.05	2.526	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.05	2.526	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.821	3.782	5319

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.253-2.311	0.293	328	0.277	6336	6688	99.641
2.311-2.374	0.298	331	0.266	6211	6548	99.908
2.374-2.443	0.321	327	0.256	5998	6347	99.653
2.443-2.517	0.296	279	0.236	5921	6206	99.903
2.517-2.599	0.273	333	0.233	5646	5987	99.866
2.599-2.69	0.25	276	0.22	5509	5794	99.845
2.69-2.791	0.26	282	0.204	5312	5606	99.786
2.791-2.903	0.248	260	0.195	5148	5417	99.834
2.903-3.031	0.258	249	0.198	4938	5216	99.444
3.031-3.178	0.224	230	0.189	4741	4979	99.839
3.178-3.347	0.226	237	0.188	4474	4716	99.894
3.347-3.548	0.214	234	0.179	4296	4538	99.824
3.548-3.789	0.189	195	0.161	4019	4228	99.669
3.789-4.087	0.161	216	0.145	3715	3968	99.068
4.087-4.469	0.148	192	0.131	3473	3666	99.973
4.469-4.982	0.159	181	0.13	3166	3347	100
4.982-5.727	0.207	139	0.161	2826	2977	99.597
5.727-6.951	0.199	140	0.179	2413	2562	99.649
6.951-9.577	0.14	100	0.136	1937	2047	99.511
9.577-30	0.149	76	0.161	1205	1297	98.766

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8439	-0.5854	-0.4181	0.8462	0.3985	0.72	-0.0289	0.0695	-0.0901	-0.0215	-0.0002	0.029	0.0373	-0.042	0.0291	0.1867	-0.0075	0.0334	0.0396	-0.0153	0.0264	-2.82	-14.994	-53.868
2	1.3007	-0.7546	-0.6741	0.9237	0.5801	0.886	-0.0086	0.1667	-0.1419	-0.0066	-0.0924	0.1566	0.1082	-0.2161	0.101	0.1516	-0.03	0.0067	0.0587	-0.017	0.0273	-17.091	-5.244	-45.339
3	1.2856	-0.7186	-0.6586	1.3773	0.3871	1.8015	0.0151	0.1049	-0.046	-0.025	-0.0286	0.1605	-0.1579	-0.3275	0.0136	0.1343	0.0196	0.0222	0.0822	0.0055	0.0262	-26.684	12.828	-33.063
4	0.8892	-0.4774	-0.3878	0.7407	0.1382	1.086	-0.0338	-0.0019	-0.0596	0.0628	0.0152	0.139	0.0458	-0.1677	0.0186	0.1624	-0.015	0.0053	0.0901	-0.001	0.0497	-40.634	17.333	8.505
5	1.8488	0.0762	-0.2028	1.434	0.5265	1.6731	0.0817	-0.1309	0.0557	0.1428	-0.0268	-0.14	0.0623	0.0933	-0.0548	0.1151	-0.0173	0.0023	0.0434	-0.0004	0.018	-30.941	21.138	4.631
6	19.7713	2.2472	1.5486	9.1984	-9.1101	9.7807	-0.018	-0.6709	-0.5271	0.1168	0.1808	0.111	-0.0841	-0.3674	-0.1628	0.1436	-0.1179	0.1439	0.1609	-0.1293	0.2224	-43.067	-5.904	-0.372
7	1.4506	-0.4117	-0.5494	0.7261	0.3474	1.2765	-0.081	-0.0193	-0.1913	0.0551	0.0116	0.0393	0.2499	0.1172	0.0694	0.1678	0.0193	0.0241	0.0229	-0.007	0.0348	-14.283	-3.907	-11.31
8	7.962	1.2117	0.0672	3.1796	-0.1166	2.2184	0.1974	-0.6241	-0.9836	0.353	-0.1134	-0.1081	0.3394	0.2029	-0.084	0.1734	0.075	-0.0409	0.1139	0.0628	0.1257	-7.754	-7.749	-6.449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	238 - 488
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	489 - 626
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	627 - 768
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-4 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	489 - 546
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	547 - 559
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	560 - 740
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	741 - 767

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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