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- PDB-4mwa: 1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mwa
タイトル1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus anthracis
要素(4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate ...) x 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / GCPE protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.85 Angstrom Crystal Structure of GCPE Protein from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of ...著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Xu, X. / Cui, H. / Maltseva, N. / Bishop, B. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
C: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
D: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
E: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
F: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
G: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
H: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,76729
ポリマ－240,2358
非ポリマー1,53221
水21,0421168
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
C: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
D: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,92816
ポリマ－120,1394
非ポリマー78912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area39640 Å2
手法PISA
2
E: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
F: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
G: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
H: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,83913
ポリマ－120,0964
非ポリマー7439
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area39230 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18270 Å2
ΔGint-336 kcal/mol
Surface area77330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.676, 162.676, 76.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-403-

CL

21D-402-

SO4

31D-402-

SO4

41B-615-

HOH

-
要素

-
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate ... , 5種, 8分子 AGBCDFHE

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 30034.727 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1
#2: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 30034.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1
#3: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 30077.730 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1
#4: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 29991.727 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1
#5: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 30077.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4180, BA_4502, GBAA_4502, gcpE, ispG / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81LV7, EC: 1.17.7.1

-
非ポリマー , 3種, 1189分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PAPAIN WAS ADDED TO CRYSTALLIZATION DROPS, WHICH CAUSED THE CLEAVAGE AFTER THE RESIDUE ARG-273

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Ammonium sulpfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% (v/v) PEG3350 + 1/10 (v/v) papain; Cryo: paratone, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Ammonium sulpfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% (v/v) PEG3350 + 1/10 (v/v) papain; Cryo: paratone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月7日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.241
11-K, -H, -L20.26
11-h,-k,l30.268
11K, H, -L40.232
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 192231 / Num. obs: 192231 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 9098 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.926 / SU ML: 0.067
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16856 9583 5 %RANDOM
Rwork0.12528 ---
all0.12741 182492 --
obs0.12741 182492 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.86 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.86 Å2-0 Å2
3---11.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15709 0 73 1168 16950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01916213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.98121944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803337369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.30752101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90724.086673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.672152815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.45315122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.0218304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.5478365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0221.5468364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5382.31410479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5382.31410480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2121.7277848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1861.7177797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8052.51811388
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.07513.18219473
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.89912.98119101
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 695 -
Rwork0.173 12837 -
obs-12837 94.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89660.1436-0.02550.6165-0.04940.51820.0218-0.08990.0940.05750.0044-0.05710.00010.1193-0.02620.03-0.007-0.00540.0893-0.01940.020355.591541.888637.8744
20.78150.11540.00740.33940.06870.70710.0255-0.0632-0.06420.0299-0.0059-0.02320.07210.0429-0.01960.04590.0082-0.00490.03150.00390.006248.66429.724838.5457
30.74090.3775-0.04120.74040.5061.00320.0156-0.00740.04-0.06170.01210.0367-0.0330.1965-0.02770.03390.02380.00620.075-0.00830.011565.606832.927911.6448
40.75430.32460.19080.34590.09510.3778-0.02350.1304-0.1021-0.04270.0191-0.03170.00430.06980.00440.03690.02680.00660.0548-0.01270.017859.685629.7498-0.4513
50.4031-0.0322-0.01060.78290.19420.5355-0.01130.07320.0445-0.06140.05420.15650.0752-0.0594-0.04290.078-0.0225-0.02480.07490.02430.05315.450922.5443-0.001
60.6740.21330.13130.473-0.00850.61960.00360.0433-0.075-0.02510.0310.00910.1033-0.0032-0.03460.05840.001-0.00840.0383-0.00790.012329.582617.34810.1809
71.00660.11680.5680.6769-0.33551.125-0.0112-0.008-0.05510.00030.05260.04610.125-0.1161-0.04140.076-0.00410.00670.02160.00580.018419.64035.77626.5299
80.77050.41440.03120.80580.08720.56360.029-0.0481-0.04690.109-0.0413-0.04890.0962-0.0630.01230.06450.00210.00060.0180.00370.004827.104511.605838.4229
90.71420.1373-0.00870.4070.00410.33630.0183-0.0704-0.11830.0267-0.00140.01150.0241-0.0197-0.01690.0448-0.0028-0.00090.05430.01030.02413.72642.335938.5987
100.89850.2091-0.04160.4285-0.04490.43260.0535-0.01780.06770.01850.00390.0239-0.0568-0.0282-0.05740.05350.00620.00590.0436-0.00170.01297.747557.850237.3163
110.5176-0.04740.30250.4575-0.34740.78070.0507-0.0011-0.0467-0.0015-0.02020.04670.0185-0.1027-0.03060.02480.0157-0.00550.0642-0.01060.0101-9.398953.617910.4669
120.55430.14330.16670.25150.02690.4010.00390.06860.0136-0.0332-0.018-0.026-0.0148-0.04770.01410.04970.02050.00480.08020.01430.00631.106757.4071-0.1613
130.41820.14560.13780.78-0.08830.3826-0.01420.0576-0.0859-0.05750.0421-0.1341-0.02810.0219-0.02790.05240.00340.01510.0708-0.01140.03442.929164.16470.0595
140.67220.3108-0.11950.5403-0.07820.52810.0110.02920.0580.00260.01340.0334-0.0473-0.0117-0.02440.05070.0001-0.00180.04970.00130.005928.792869.39740.2909
150.2563-0.0522-0.09170.62090.19520.36270.01550.02290.00670.01960.0073-0.0644-0.07420.0254-0.02280.0702-0.0048-0.00870.0331-0.00150.007839.632982.191527.674
160.45690.13120.01970.2134-0.07330.37710.0211-0.0270.00760.0783-0.03030.0165-0.02240.03510.00910.0922-0.00250.00430.0426-0.00950.003931.055773.665539.2797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2A151 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4B112 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5C3 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6C124 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7D2 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8D124 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9E2 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10E136 - 261
11X-RAY DIFFRACTION11F2 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12F126 - 263
13X-RAY DIFFRACTION13G3 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14G124 - 260
15X-RAY DIFFRACTION15H3 - 132
16X-RAY DIFFRACTION16H133 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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