PDB-4mvh: Crystal Structure of PDE10A with Novel Keto-Benzimidazole Inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mvh

タイトル

Crystal Structure of PDE10A with Novel Keto-Benzimidazole Inhibitor

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE10A / Phosphodiesterase 10A / inhibitors / Keto-Benzimidazoles / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.496 Å

データ登録者

Chmait, S. / Jordan, S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Design, Optimization, and Biological Evaluation of Novel Keto-Benzimidazoles as Potent and Selective Inhibitors of Phosphodiesterase 10A (PDE10A).
著者: Hu, E. / Kunz, R.K. / Chen, N. / Rumfelt, S. / Siegmund, A. / Andrews, K. / Chmait, S. / Zhao, S. / Davis, C. / Chen, H. / Lester-Zeiner, D. / Ma, J. / Biorn, C. / Shi, J. / Porter, A. / Treanor, J. / Allen, J.R.

履歴

登録	2013年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mvh.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mvh.ent.gz	218.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mvh_validation.pdf.gz	904.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mvh_full_validation.pdf.gz	907.3 KB	表示
XML形式データ	4mvh_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	4mvh_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4muwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tpm-d 4tpp-d 4p0n-d 4hf4-d 4heu-d 4ddl-d 4p1r-d 6gxq-d 4phw-d 5l8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	252.062, 252.062, 252.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 40575.398 Da / 分子数: 2 / 断片: human PDE10a, residues 442-779 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-2F5 / 1H-benzimidazol-2-yl(4-{[3-(morpholin-4-yl)pyrazin-2-yl]oxy}phenyl)methanone / 1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-イル[4-(3-モルホリノ-2-ピラジニルオキシ)フェニル]メタノン分子量: 401.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉N₅O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M MES monohydrate, 10% v/v 1,4-Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月23日 / 詳細: Osmics VariMax HR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.496→50 Å / Num. all: 46010 / Num. obs: 45251 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.496→2.59 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.496→24.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 7.508 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.161
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18159	2293	5 %	RANDOM
R_work	0.16164	-	-	-
all	0.16267	43272	-	-
obs	0.16267	43272	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.496→24.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4987	0	124	137	5248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.883	1.976	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.713	3.001	11168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.681	5	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.655	23.983	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.38	15	907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.116	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	3.734	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.966	3.732	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.675	5.593	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.675	5.594	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.931	3.958	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.909	3.886	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.565	5.78	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.336	29.914	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.281	29.405	5972

LS精密化シェル

解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	129	-
R_work	0.18	3249	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0876	0.05	-0.1515	0.3465	0.0906	0.5893	-0.0142	0.0713	0.0097	-0.0078	0.0343	-0.0137	-0.0185	-0.0103	-0.0201	0.0497	-0.0303	0.0142	0.0581	0.0038	0.0094	-3.7979	30.8959	90.0208
2	0.4942	-0.1267	-0.1932	0.3344	-0.0362	0.9314	0.0025	0.0054	-0.0439	0.0083	0.0027	0.0257	0.0141	-0.0467	-0.0053	0.0281	-0.0256	0.0173	0.0414	0.0117	0.0598	26.874	30.1116	58.3735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	453 - 759
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1010
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	452 - 759
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	801 - 808

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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