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万見
- PDB-4mv4: Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Haemophilus influenz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mv4
タイトルCrystal Structure of Biotin Carboxylase from Haemophilus influenzae in Complex with AMPPCP and Mg2
要素Biotin carboxylase
キーワードLIGASE / ATP-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin carboxylase / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain ...Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Broussard, T.C. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Champion, T.S. / Bonnot, R.J. / Waldrop, G.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Substrate, Reaction Intermediate, and Product Binding in Haemophilus influenzae Biotin Carboxylase.
著者: Broussard, T.C. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Bonnot, R. / Waldrop, G.L.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0366
ポリマ－51,3471
非ポリマー6895
水5,441302
1
A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子

A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,07112
ポリマ－102,6932
非ポリマー1,37810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_685-x+1,-y+3,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.344, 85.344, 104.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-651-

HOH

21A-877-

HOH

31A-887-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Biotin carboxylase / Acetyl-CoA carboxylase subunit A / ACC


分子量: 51346.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: accC, HI_0972 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43873, biotin carboxylase, acetyl-CoA carboxylase

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非ポリマー , 5種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M NaCl, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月14日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→42.6 Å / Num. all: 54685 / Num. obs: 54685 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7993 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DV1

1dv1


解像度: 1.61→42.6 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogens have been added to the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 2721 4.98 %Random
Rwork0.1542 ---
obs0.1557 54662 98.24 %-
all-54662 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 0 41 302 3737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4144791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7991342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008624
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.6390.25511400.23282737X-RAY DIFFRACTION99
1.639-1.67050.26091630.21382719X-RAY DIFFRACTION99
1.6705-1.70460.22991500.20542753X-RAY DIFFRACTION99
1.7046-1.74170.27751390.19522738X-RAY DIFFRACTION99
1.7417-1.78220.21571480.17812722X-RAY DIFFRACTION99
1.7822-1.82680.20651490.17372717X-RAY DIFFRACTION98
1.8268-1.87620.22181370.16772743X-RAY DIFFRACTION99
1.8762-1.93140.20641390.17432769X-RAY DIFFRACTION99
1.9314-1.99370.21941420.16652748X-RAY DIFFRACTION99
1.9937-2.0650.19031410.16392756X-RAY DIFFRACTION99
2.065-2.14770.19271320.15632755X-RAY DIFFRACTION98
2.1477-2.24540.18751470.15062746X-RAY DIFFRACTION99
2.2454-2.36380.18791370.1442744X-RAY DIFFRACTION99
2.3638-2.51190.19351480.15032754X-RAY DIFFRACTION99
2.5119-2.70580.19561410.14782715X-RAY DIFFRACTION98
2.7058-2.9780.17471410.16152732X-RAY DIFFRACTION98
2.978-3.40880.18511520.16242772X-RAY DIFFRACTION99
3.4088-4.2940.16261380.13572658X-RAY DIFFRACTION95
4.294-42.60.14891370.13512663X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54010.76910.23971.7491-0.41961.36810.0712-0.2337-0.3271-0.00110.09840.33550.0733-0.1507-0.1150.1556-0.0285-0.04820.19650.06730.2534-37.72990.7539-8.3179
21.92840.39420.36291.65-0.45630.97720.2244-0.3644-0.5437-0.4961-0.16850.17230.4087-0.19250.18480.38060.0328-0.120.3191-0.07060.4542-14.893467.3528-22.0475
32.5602-0.07750.0621.1750.0770.96630.1170.4167-0.3432-0.3867-0.02450.02480.12630.0556-0.0850.27220.0143-0.04220.1861-0.03150.1484-22.702592.5812-24.7874
41.87750.08790.21341.9207-0.13971.47840.0526-0.1559-0.04470.074-0.0433-0.3279-0.04530.1046-0.00380.1466-0.0071-0.02840.1510.02640.1727-12.626999.6362-6.0696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 116 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 207 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 331 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 332 through 445 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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