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- PDB-4mv2: Crystal structure of plu4264 protein from Photorhabdus luminescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mv2
タイトルCrystal structure of plu4264 protein from Photorhabdus luminescens
要素plu4264
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / cupin
機能・相同性
機能・相同性情報


Polyketide biosynthesis protein CurC, predicted / : / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.349 Å
データ登録者Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Weerth, S. / Thomas, M.G. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Weerth, S. / Thomas, M.G. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structure of a cupin protein Plu4264 from Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 at 1.35 angstrom resolution.
著者: Weerth, R.S. / Michalska, K. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Wang, F. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Thomas, M.G. / Phillips, G.N.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年10月2日ID: 4I4A
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: plu4264
B: plu4264
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2765
ポリマ－31,1362
非ポリマー1403
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.738, 147.687, 83.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 plu4264


分子量: 15567.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
株: TT01 / 遺伝子: plu4264 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: Q7MZL9
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris/HCl 8.5, 25% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 76260 / Num. obs: 76134 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3769 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1446)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.349→24.898 Å / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.92 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: hydrogen atoms have been added at riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1589 1113 1.46 %random
Rwork0.1355 ---
all0.1359 76091 --
obs0.1359 76091 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.349→24.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 3 289 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4613335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.313893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3493-1.41070.23691250.20179240X-RAY DIFFRACTION99
1.4107-1.4850.18961550.15169274X-RAY DIFFRACTION100
1.485-1.5780.17281360.12279330X-RAY DIFFRACTION100
1.578-1.69990.11921230.1039330X-RAY DIFFRACTION100
1.6999-1.87090.14431440.10039347X-RAY DIFFRACTION100
1.8709-2.14150.14811270.1099423X-RAY DIFFRACTION100
2.1415-2.69750.14481540.13539417X-RAY DIFFRACTION100
2.6975-24.90190.16851490.15449617X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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