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- PDB-4mtk: Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mtk
タイトルCrystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System
要素VgrG1
キーワードTOXIN / Beta-barrel / OB-fold / Beta-helix / Type VI secretion system central spike / Secreted outside of the cell
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting Protein - #110 / Pnp Oxidase; Chain A - #50 / Gp5 N-terminal domain / Baseplate protein-like domains / Light-harvesting Protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / : ...Light-harvesting Protein - #110 / Pnp Oxidase; Chain A - #50 / Gp5 N-terminal domain / Baseplate protein-like domains / Light-harvesting Protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / : / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / 3-Layer(bab) Sandwich / Pnp Oxidase; Chain A / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system spike protein VgrG1a
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.322 Å
データ登録者Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The conserved architecture of the T6SS central spike complex
著者: Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Basler, M. / Ho, B.T. / Mekalanos, J.J. / Leiman, P.G.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VgrG1
B: VgrG1
C: VgrG1
D: VgrG1
E: VgrG1
F: VgrG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,509264
ポリマ-432,5906
非ポリマー24,919258
1086
1
A: VgrG1
B: VgrG1
C: VgrG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,195147
ポリマ-216,2953
非ポリマー13,900144
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49630 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area68060 Å2
手法PISA
2
D: VgrG1
E: VgrG1
F: VgrG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,313117
ポリマ-216,2953
非ポリマー11,018114
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49530 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area68180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.275, 168.275, 652.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 5 - 640 / Label seq-ID: 5 - 640

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF

-
要素

#1: タンパク質
VgrG1


分子量: 72098.375 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / : PAO1 / 遺伝子: PA0091, vgrG1 / プラスミド: pTSL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9I741
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4 M Li2SO4, 5% MPD, 100 mM BisTris, 10 mM CsCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月12日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled double crystal monochromator with Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→50 Å / Num. all: 304602 / Num. obs: 304594 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 70.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.32→3.5 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2P5Z
解像度: 3.322→49.143 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 6084 2 %Random
Rwork0.1697 ---
all0.1825 304594 --
obs0.1754 304249 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.322→49.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29862 0 1302 6 31170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00342990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.74811424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045592
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
12B18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
13C18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
14D18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
15E18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
16F18191X-RAY DIFFRACTION12.538TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3222-3.360.30491920.30389611X-RAY DIFFRACTION96
3.36-3.39950.3051800.27710002X-RAY DIFFRACTION100
3.3995-3.44090.26391950.25019967X-RAY DIFFRACTION100
3.4409-3.48450.27112360.24069888X-RAY DIFFRACTION100
3.4845-3.53030.26072200.2339961X-RAY DIFFRACTION100
3.5303-3.57870.22541720.229410017X-RAY DIFFRACTION100
3.5787-3.62980.20592100.21149858X-RAY DIFFRACTION100
3.6298-3.68390.22452260.20759962X-RAY DIFFRACTION100
3.6839-3.74150.23931900.201910106X-RAY DIFFRACTION100
3.7415-3.80280.21541680.20169883X-RAY DIFFRACTION100
3.8028-3.86840.21461950.18769915X-RAY DIFFRACTION100
3.8684-3.93870.20782370.16959966X-RAY DIFFRACTION100
3.9387-4.01440.19532190.16819942X-RAY DIFFRACTION100
4.0144-4.09630.16482270.16839945X-RAY DIFFRACTION100
4.0963-4.18530.16692060.14969910X-RAY DIFFRACTION100
4.1853-4.28260.19032250.1539966X-RAY DIFFRACTION100
4.2826-4.38970.17451700.14459919X-RAY DIFFRACTION100
4.3897-4.50830.1832420.1319919X-RAY DIFFRACTION100
4.5083-4.64080.12982340.11979939X-RAY DIFFRACTION100
4.6408-4.79050.14881520.119610029X-RAY DIFFRACTION100
4.7905-4.96160.18951770.13969952X-RAY DIFFRACTION100
4.9616-5.160.16392120.14319902X-RAY DIFFRACTION100
5.16-5.39460.18171960.151910003X-RAY DIFFRACTION100
5.3946-5.67860.17972070.16119938X-RAY DIFFRACTION100
5.6786-6.03380.21521870.17449968X-RAY DIFFRACTION100
6.0338-6.49870.1972030.16939989X-RAY DIFFRACTION100
6.4987-7.15090.21421890.18049897X-RAY DIFFRACTION100
7.1509-8.18160.1811750.17589997X-RAY DIFFRACTION100
8.1816-10.29230.15562270.16339951X-RAY DIFFRACTION100
10.2923-49.14830.24032150.20629863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0547-0.00480.04920.0539-0.02340.0637-0.04-0.10390.10270.02310.05580.01210.0550.26340.00470.95240.47710.04780.85510.11460.605113.6122-13.115943.1835
20.21760.0742-0.0290.08290.02350.07970.0196-0.07580.0107-0.199-0.01180.05320.1880.19140.01360.94160.39240.04490.56390.04820.592.4366-4.669223.6666
30.1511-0.1172-0.03030.17620.05510.17320.0776-0.04670.0199-0.0871-0.00820.1194-0.1729-0.06990.17480.80120.459-0.02570.24820.00630.5584-43.086854.990927.6464
40.00960.00370.04240.06020.0540.2757-0.05610.0154-0.0187-0.0734-0.07640.00750.1159-0.0455-0.00761.43750.3331-0.07750.49420.00140.8042-8.7781-37.178411.9133
50.00370.01070.00360.0530.00870.02520.03360.0389-0.0718-0.1962-0.08550.03380.2347-0.0574-0.00071.17350.21-0.11490.4706-0.01280.7934-22.0064-19.128713.8516
60.00550.01630.00520.03320.01480.0095-0.0338-0.0035-0.0236-0.0369-0.09530.09090.0024-0.0576-01.41240.1227-0.08910.44270.06280.9692-26.2385-43.657522.3645
70.0085-0.00180.00820.00290.00330.0123-0.1274-0.0418-0.09850.0131-0.0550.08260.0229-0.0718-0.00021.07650.061-0.09790.6220.01350.9555-38.9216-14.099233.0675
8-0.0024-0.0173-0.01780.07540.08910.1131-0.0138-0.0535-0.09720.0839-0.09630.02120.2424-0.10490.00811.09160.1117-0.11260.38590.06450.8052-26.7211-26.03423.6395
90.0005-0.0197-0.01130.2109-0.00830.25510.04030.0782-0.004-0.2359-0.0148-0.00820.0057-0.1717-0.00940.79990.3297-0.10440.34560.04450.5375-36.432240.700619.0918
100.0147-0.0261-0.02230.04720.01920.0707-0.0137-0.02470.02440.0159-0.0476-0.02-0.1610.08970.00261.15890.2935-0.01160.52510.18440.9727-46.244882.937713.2984
110.0011-0.0027-0.00230.00550.00660.01240.1087-0.03690.0157-0.00180.02990.0223-0.0009-0.05210.00011.16820.1451-0.00220.57510.14340.7898-21.7856-35.977854.8553
120.00330.00060.00480.00960.0020.00780.0199-0.0864-0.08160.01230.0412-0.01280.0273-0.038201.24110.0981-0.07420.63850.1780.9252-26.38-38.575453.0473
130.0201-0.00760.00040.01060.00130.0307-0.0178-0.1491-0.0490.02560.05050.130.1397-0.02640.00010.9370.1483-0.02260.61310.12370.6847-27.1618-9.349753.919
140.00670.00210.0119-0.0010.00380.01320.0003-0.1114-0.0789-0.0152-0.0363-0.04320.12370.013800.88870.27010.03290.70210.25730.7076-8.2956-27.701665.9347
150.11150.08-0.06320.0821-0.05130.0664-0.0109-0.1139-0.0805-0.0291-0.06620.03310.220.0822-00.84560.3137-0.00660.66350.08030.5829-11.4874-7.275654.36
160.17360.0121-0.010.02370.04660.13840.0908-0.2112-0.0356-0.0255-0.07490.0982-0.071-0.2555-0.15120.6980.3901-0.10390.42270.00280.5608-42.880339.068126.2158
170.0136-0.015-0.01120.02070.0160.0110.10140.0949-0.0595-0.06850.00280.006-0.1401-0.10730.0531.05140.4993-0.21450.76780.06691.0438-62.741375.093911.5371
180.0125-0.016-0.01030.04920.01660.0831-0.05840.10410.0936-0.1417-0.1019-0.0427-0.40310.2168-00.93510.20240.05750.86390.1490.8363-0.676531.359467.8164
19-0.0013-0.0060.00290.0355-0.0190.0092-0.04650.03930.0912-0.1004-0.0764-0.02-0.04530.03301.20290.13940.05710.85650.07560.9127-0.459250.703777.2763
200.035-0.04890.03130.0341-0.0240.1759-0.06090.00980.0702-0.0255-0.1235-0.1175-0.41450.367-0.00120.94820.01240.12360.93750.12190.841315.537833.994782.1983
210.10590.1313-0.0250.17160.01710.2097-0.04440.0855-0.3096-0.14790.0201-0.35860.18940.59120.17370.58120.67430.33341.56240.19431.112555.0568-22.053472.233
220.0038-0.00210.00550.001-0.00220.00780.02860.0159-0.03410.0243-0.0122-0.0278-0.04490.072400.91940.07890.03970.7442-0.10850.6065-0.352941.5046109.7887
230.0310.011-0.00950.02460.01140.05650.036-0.1810.0813-0.0065-0.1042-0.0058-0.40890.246900.7928-0.0070.02780.9942-0.02440.703911.916930.4928108.3012
240.0037-0.0012-0.00770.0009-0.00430.01580.0669-0.04670.05450.0699-0.07560.1074-0.15020.026700.63340.10060.00960.9873-0.17420.6892-7.839727.3622120.6195
250.01510.0020.01670.0040.01460.0328-0.0085-0.0164-0.01910.0044-0.10760.03330.08490.0656-0.00010.52760.1393-0.01521.12140.06230.63487.16940.2198107.0043
260.06310.01610.09570.0790.0080.1496-0.0589-0.09690.130.1232-0.12720.0548-0.30490.1753-00.69170.12090.03971.21870.00640.70183.744919.1793110.1356
270.11440.08060.01490.05380.00310.09130.0780.0249-0.2213-0.0828-0.203-0.16830.17120.4716-0.25310.4050.33350.18471.48510.24360.917547.7317-5.781983.0661
280.01260.0134-0.00950.0232-0.0093-0.00320.08420.0941-0.0697-0.09280.0549-0.1312-0.00950.1050.14160.73730.76610.28431.61860.03171.650688.6084-37.616767.0964
290.0223-0.0036-0.00490.04140.00240.0137-0.0619-0.0560.0066-0.1110.0384-0.0258-0.0244-0.047500.59290.2118-0.00821.19810.04710.6613-25.84517.773299.757
300.0446-0.01860.05050.0313-0.00210.0620.0926-0.0052-0.1208-0.1038-0.0639-0.03130.0548-0.05650.00010.51770.19270.00461.00130.06390.649-8.2061-1.717589.6952
310.0257-0.00850.00320.0002-0.00210.0080.0012-0.0353-0.1291-0.11940.00650.0501-0.1109-0.04960.00010.59120.2557-0.08330.91210.04850.6899-29.15819.928678.9525
320.0620.0716-0.03810.14680.010.1540.12620.01920.0306-0.2005-0.1178-0.0304-0.02220.012600.61410.25770.00910.98750.05570.6292-6.28825.685874.7505
330.19670.04260.04720.1943-0.05530.16610.09450.0429-0.2131-0.1137-0.0253-0.38130.37110.34740.14750.53830.70660.1571.54170.24091.16355.9365-23.759782.2302
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 429 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 430 through 640 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 80 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 218 through 282 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 283 through 388 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 389 through 598 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 599 through 640 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 5 through 41 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 42 through 94 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 95 through 170 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 171 through 217 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 218 through 388 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 389 through 598 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 599 through 640 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 5 through 170 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 171 through 217 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 218 through 388 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 389 through 640 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 5 through 41 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 42 through 170 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 171 through 217 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 218 through 282 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 283 through 388 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 389 through 554 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 555 through 640 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 5 through 79 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 80 through 170 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 171 through 217 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 218 through 388 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 389 through 640 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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