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Yorodumi- PDB-4mtk: Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mtk | ||||||
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Title | Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System | ||||||
Components | VgrG1 | ||||||
Keywords | TOXIN / Beta-barrel / OB-fold / Beta-helix / Type VI secretion system central spike / Secreted outside of the cell | ||||||
Function / homology | Function and homology information type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.322 Å | ||||||
Authors | Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The conserved architecture of the T6SS central spike complex Authors: Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Basler, M. / Ho, B.T. / Mekalanos, J.J. / Leiman, P.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mtk.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mtk.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mtk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mtk_validation.pdf.gz | 591.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mtk_full_validation.pdf.gz | 646.6 KB | Display | |
Data in XML | 4mtk_validation.xml.gz | 131.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4mtk_validation.cif.gz | 176.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/4mtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/4mtk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2p5zS S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 5 - 640 / Label seq-ID: 5 - 640
|
-Components
#1: Protein | Mass: 72098.375 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA0091, vgrG1 / Plasmid: pTSL2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 / References: UniProt: Q9I741 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.17 Å3/Da / Density % sol: 80.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.4 M Li2SO4, 5% MPD, 100 mM BisTris, 10 mM CsCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2012 |
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled double crystal monochromator with Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.32→50 Å / Num. all: 304602 / Num. obs: 304594 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 70.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.32→3.5 Å / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry 2P5Z Resolution: 3.322→49.143 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.43 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.322→49.143 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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