ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | dev_1439精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | PHASER | | 位相決定 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.373→100 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.7905 / SU ML: 0.31 / σ(F): 18.54 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2432 | 5618 | 5.01 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2097 | - | - | - |
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obs | 0.2114 | 112225 | 98.2 % | - |
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all | - | 112225 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 125.11 Å2 / Biso mean: 55.68 Å2 / Biso min: 20.49 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.373→100 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 11304 | 0 | 434 | 559 | 12297 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 11933 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.492 | 15978 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.02 | 1691 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 2031 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.343 | 4594 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.3725-2.3995 | 0.3554 | 140 | 0.3022 | 3150 | 3290 | 85 | 2.3995-2.4277 | 0.3222 | 161 | 0.2785 | 3515 | 3676 | 99 | 2.4277-2.4573 | 0.3297 | 170 | 0.277 | 3584 | 3754 | 99 | 2.4573-2.4884 | 0.3138 | 229 | 0.2635 | 3476 | 3705 | 99 | 2.4884-2.5212 | 0.3048 | 191 | 0.269 | 3549 | 3740 | 99 | 2.5212-2.5557 | 0.3283 | 187 | 0.2563 | 3577 | 3764 | 99 | 2.5557-2.5922 | 0.3539 | 201 | 0.2529 | 3452 | 3653 | 99 | 2.5922-2.6309 | 0.3077 | 216 | 0.2448 | 3534 | 3750 | 98 | 2.6309-2.672 | 0.2732 | 191 | 0.2383 | 3462 | 3653 | 97 | 2.672-2.7158 | 0.3056 | 197 | 0.2284 | 3502 | 3699 | 97 | 2.7158-2.7627 | 0.3102 | 212 | 0.2374 | 3552 | 3764 | 100 | 2.7627-2.8129 | 0.3123 | 189 | 0.22 | 3560 | 3749 | 99 | 2.8129-2.867 | 0.2634 | 187 | 0.2182 | 3608 | 3795 | 99 | 2.867-2.9255 | 0.2902 | 164 | 0.2187 | 3511 | 3675 | 99 | 2.9255-2.9892 | 0.2722 | 191 | 0.2216 | 3629 | 3820 | 100 | 2.9892-3.0587 | 0.254 | 186 | 0.2103 | 3605 | 3791 | 100 | 3.0587-3.1352 | 0.2684 | 172 | 0.2198 | 3552 | 3724 | 100 | 3.1352-3.22 | 0.2417 | 185 | 0.2102 | 3604 | 3789 | 99 | 3.22-3.3147 | 0.248 | 192 | 0.2262 | 3607 | 3799 | 99 | 3.3147-3.4217 | 0.2553 | 176 | 0.2256 | 3496 | 3672 | 98 | 3.4217-3.544 | 0.2487 | 169 | 0.22 | 3537 | 3706 | 97 | 3.544-3.6859 | 0.2445 | 186 | 0.2043 | 3591 | 3777 | 99 | 3.6859-3.8537 | 0.2313 | 197 | 0.1898 | 3599 | 3796 | 99 | 3.8537-4.0569 | 0.22 | 198 | 0.1818 | 3574 | 3772 | 99 | 4.0569-4.311 | 0.2179 | 197 | 0.1773 | 3607 | 3804 | 98 | 4.311-4.6439 | 0.2131 | 207 | 0.183 | 3546 | 3753 | 98 | 4.6439-5.1112 | 0.1753 | 165 | 0.1733 | 3596 | 3761 | 97 | 5.1112-5.8508 | 0.2085 | 190 | 0.2023 | 3597 | 3787 | 98 | 5.8508-7.3711 | 0.2268 | 166 | 0.2154 | 3703 | 3869 | 99 | 7.3711-104.8186 | 0.2189 | 206 | 0.214 | 3732 | 3938 | 96 |
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