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- PDB-4mt0: Crystal Structure of the Open State of the Neisseria gonorrhoeae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mt0
タイトルCrystal Structure of the Open State of the Neisseria gonorrhoeae MtrE Outer Membrane Channel
要素MtrE protein
キーワードmembrane protein / tranport protein / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.292 Å
データ登録者Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the open state of the Neisseria gonorrhoeae MtrE outer membrane channel.
著者: Lei, H.T. / Chou, T.H. / Su, C.C. / Bolla, J.R. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Long, F. / Delmar, J.A. / Do, S.V. / Rajashankar, K.R. / Shafer, W.M. / Yu, E.W.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MtrE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6252
ポリマ－48,5291
非ポリマー961
水1267
1
A: MtrE protein
ヘテロ分子

A: MtrE protein
ヘテロ分子

A: MtrE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8746
ポリマ－145,5863
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area60850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.096, 94.096, 392.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 MtrE protein


分子量: 48528.516 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: SK2 / 遺伝子: mtrE / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51006
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 30% PEG400, 0.05M Mg(Ac)2, 0.1M NaAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. all: 27283 / Num. obs: 27283 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 64.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.29-3.4120.429194.7
3.41-3.5420.354194.9
3.54-3.7120.229194.4
3.71-3.920.187194.1
3.9-4.142.10.131193.4
4.14-4.4620.109193.2
4.46-4.912.10.116192.8
4.91-5.622.10.11190.8
5.62-7.082.10.086189.1
7.08-502.20.035185.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DPSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.292→46.182 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3169 765 4.98 %
Rwork0.2807 --
obs0.2824 15374 92.42 %
all-15374 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.7282 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.292→46.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 5 7 3418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6471278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2921-3.54620.40231370.35972894X-RAY DIFFRACTION94
3.5462-3.90290.30731570.30582896X-RAY DIFFRACTION94
3.9029-4.46730.32121650.2562881X-RAY DIFFRACTION94
4.4673-5.62670.26731660.24362907X-RAY DIFFRACTION93
5.6267-46.18660.32641400.27753031X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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