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万見
- PDB-4mss: Crystal structure of Burkholderia cenocepacia family 3 glycoside ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mss
タイトルCrystal structure of Burkholderia cenocepacia family 3 glycoside hydrolase (NagZ) bound to (3S,4R,5R,6S)-3-acetamido-4,5,6-trihydroxyazepane
要素Beta-hexosaminidase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TIM barrel / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CZ / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vadlamani, G. / Mark, B.L.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2013
タイトル: Selective trihydroxyazepane NagZ inhibitors increase sensitivity of Pseudomonas aeruginosa to beta-lactams.
著者: Mondon, M. / Hur, S. / Vadlamani, G. / Rodrigues, P. / Tsybina, P. / Oliver, A. / Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Bleriot, Y.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase 1
B: Beta-hexosaminidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9187
ポリマ－76,2342
非ポリマー6855
水14,790821
1
A: Beta-hexosaminidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4133
ポリマ－38,1171
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-hexosaminidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5054
ポリマ－38,1171
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.760, 87.580, 67.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase 1 / Family 3 Glycoside hydrolase / NagZ / Beta-hexosaminidase 2


分子量: 38116.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656
遺伝子: BCAL1010, BCAL2860, BceJ2315_10000, BceJ2315_27960, nagZ, nagZ1, nagZ2
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EA43, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-2CZ / N-[(3S,4R,5R,6S)-4,5,6-trihydroxyazepan-3-yl]acetamide / 3α-(アセチルアミノ)ヘキサヒドロ-1H-アゼピン-4β,5α,6β-トリオ-ル


分子量: 204.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 30% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月17日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.59 Å / Num. all: 51229 / Num. obs: 51148 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.552 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(dev_1320)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GNV

4gnv


解像度: 1.8→27.19 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.47 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 1317 2.58 %RANDOM
Rwork0.135 ---
all-51229 --
obs-51127 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5098 0 46 821 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3447122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2481872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.87210.27631380.2275429X-RAY DIFFRACTION96
1.8721-1.95720.27711380.19185409X-RAY DIFFRACTION96
1.9572-2.06040.22221540.15635424X-RAY DIFFRACTION97
2.0604-2.18940.21621450.13655483X-RAY DIFFRACTION97
2.1894-2.35840.18091390.12945513X-RAY DIFFRACTION98
2.3584-2.59560.18791490.12645587X-RAY DIFFRACTION98
2.5956-2.97070.18841520.1325587X-RAY DIFFRACTION99
2.9707-3.74130.19311520.12025654X-RAY DIFFRACTION99
3.7413-27.1930.14431500.12065724X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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