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万見
- PDB-4ms3: Crystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ms3
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) receptor bound to the endogenous agonist GABA
要素
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/AGONIST / heterodimeric protein complex / Venus Flytrap module / neurotransmitter receptor / SIGNALING PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) ...GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / dendrite / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Geng, Y. / Bush, M. / Mosyak, L. / Wang, F. / Fan, Q.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism of ligand activation in human GABA(B) receptor.
著者: Geng, Y. / Bush, M. / Mosyak, L. / Wang, F. / Fan, Q.R.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
B: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0974
ポリマ－96,7732
非ポリマー3242
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.480, 141.690, 59.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / GABA-B receptor 1 / GABA-B-R1 / GABA-BR1 / GABABR1 / Gb1


分子量: 47645.648 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / プラスミド: pFBDM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9UBS5
#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / GABA-B receptor 2 / GABA-B-R2 / GABA-BR2 / GABABR2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 49127.492 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 42-466) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / プラスミド: pFBDM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: O75899
#3: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SUBUNIT 1 IS RESIDUES 48-459 OF ISOFORM 1B (UNP Q9UBS5-2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG2000, 5% glycerol, 0.15 M ammonium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月14日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60.388 Å / Num. all: 33921 / Num. obs: 33921 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.643.70.6611.11818849190.66199.9
2.64-2.83.70.4361.71738447010.43699.9
2.8-2.993.70.2752.71623944170.275100
2.99-3.233.70.1744.21519341220.17499.9
3.23-3.543.70.1047.11397237940.10499.7
3.54-3.953.70.06411.41265934440.06499.2
3.95-4.563.70.04615.71104930020.04698.6
4.56-5.593.70.04216.8920625020.04297.6
5.59-7.913.60.0417.6711119500.0496.5
7.91-60.3883.60.02722.1386210700.02792.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MQE

4mqe


解像度: 2.5→33.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9065 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / SU R Blow DPI: 0.567 / SU Rfree Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.259 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1754 5.18 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
all0.2096 33882 --
obs0.2096 33882 98.35 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.27 Å2 / Biso mean: 42.7166 Å2 / Biso min: 7.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5133 Å20 Å20 Å2
2--3.7025 Å20 Å2
3----9.2157 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6419 0 21 306 6746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092267SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.06167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91945HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.96600HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_torsion_other16.9852SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0157632SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.00826600HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.018944HARMONIC2
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 149 5.08 %
Rwork0.2301 2785 -
all0.2327 2934 -
obs-2934 98.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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