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- PDB-4moa: Crystal structure of CRY4BA-R203Q TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4moa
タイトルCrystal structure of CRY4BA-R203Q TOXIN
要素Pesticidal crystal protein cry4Ba
キーワードTOXIN / PESTICIDAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal ...: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry4B protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thamwiriyasati, N. / Angsuthanasombat, C. / Chen, C.-J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Potential Prepore Trimer Formation by the Bacillus thuringiensis Mosquito-specific Toxin: MOLECULAR INSIGHTS INTO A CRITICAL PREREQUISITE OF MEMBRANE-BOUND MONOMERS
著者: Sriwimol, W. / Aroonkesorn, A. / Sakdee, S. / Kanchanawarin, C. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Angsuthanasombat, C.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein cry4Ba


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6751
ポリマ－67,6751
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Pesticidal crystal protein cry4Ba
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,0506
ポリマ－406,0506
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area14900 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area140060 Å2
手法PISA
3
A: Pesticidal crystal protein cry4Ba

A: Pesticidal crystal protein cry4Ba

A: Pesticidal crystal protein cry4Ba


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,0253
ポリマ－203,0253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area71210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.618, 184.618, 187.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Pesticidal crystal protein cry4Ba / 128 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryIVB(a)


分子量: 67674.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 40-641 / 変異: R203Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア)
遺伝子: cry4Ba, bt8, cryD2, cryIVB(a), isrH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05519
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M ammonium acetate, 0.01M MgCl2, 10%(v/v) MPD, 0.05M Tris HCl buffer pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 82325 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1w99

1w99


解像度: 2→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 7843 -RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.22 78493 95.2 %-
all-78492 --
溶媒の処理Bsol: 63.383 Å2
原子変位パラメータBiso max: 149.79 Å2 / Biso mean: 30.044 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.983 Å20 Å20 Å2
2--1.983 Å20 Å2
3----3.967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4774 0 0 282 5056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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