PDB-4mnd: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus IPCT-DIPPS bifunction...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mnd

タイトル

Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus IPCT-DIPPS bifunctional membrane protein

要素

CTP L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Transmembrane protein / Rossmann Fold / CDP-alcohol phosphotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

1L-myo-inositol 1-phosphate cytidylyltransferase / CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / phospholipid biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Nogly, P. / Gushchin, I. / Remeeva, A. / Esteves, A.M. / Ishchenko, A. / Ma, P. / Grudinin, S. / Borges, N. / Round, E. / Moraes, I. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of a CDP-alcohol phosphatidyltransferase membrane enzyme and insights into its catalytic mechanism.
著者: Nogly, P. / Gushchin, I. / Remeeva, A. / Esteves, A.M. / Borges, N. / Ma, P. / Ishchenko, A. / Grudinin, S. / Round, E. / Moraes, I. / Borshchevskiy, V. / Santos, H. / Gordeliy, V. / Archer, M.

履歴

登録	2013年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mnd.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mnd.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mnd_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mnd_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	4mnd_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	4mnd_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/4mnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/4mnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xmeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lgy-d 2hql-d 6on3-d 4hzh-d 5iww-d 6on1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTP L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase

ヘテロ分子

54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTP L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase

ヘテロ分子

A: CTP L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.369, 107.584, 123.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CTP L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase / Bifunctional IPC transferase and DIPP synthase 分子量: 53632.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_0263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O29976, 1L-myo-inositol 1-phosphate cytidylyltransferase, CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase
#2: 化合物	ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 7 詳細: PEG, sodium malonate, pH 7, in meso crystallization, temperature 22K, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→61.82 Å / Num. obs: 15952 / % possible obs: 99.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XME

2xme

解像度: 2.66→53.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 29.957 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30006	838	5 %	RANDOM
R_work	0.24281	-	-	-
obs	0.24561	15813	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.311 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→53.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3104	0	39	9	3152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.596	1.972	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.504	3	7239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.046	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.198	22.846	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.83	15	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.747	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.657→2.726 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	67	-
R_work	0.331	1124	-
obs	-	-	98.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7405	1.8828	0.0865	6.0569	0.1326	8.2245	-0.2623	0.7362	-0.1367	-0.5581	0.7946	0.3296	0.1165	-0.6688	-0.5322	0.0883	0.0177	-0.0395	0.655	-0.0065	0.4067	25.4932	26.2156	79.0078
2	3.1719	0.5502	1.0391	0.2389	0.1693	3.8903	-0.1388	0.7125	-0.048	-0.1195	0.1154	0.147	-0.3993	-0.13	0.0234	0.1275	-0.0234	-0.0604	0.372	-0.0201	0.3254	24.1963	28.3069	79.1969
3	2.5332	-1.4416	-1.4999	6.8159	-2.2893	6.0289	0.0836	0.5646	-0.1914	0.1965	0.1905	-0.1073	-0.067	0.6064	-0.2742	0.0654	0.011	-0.0826	0.6727	-0.1228	0.3458	42.3157	24.3418	81.8839
4	4.6375	-1.3416	-1.0093	0.7005	0.375	0.256	-0.1312	0.7681	-0.524	-0.0414	0.1066	-0.031	0.0554	-0.0526	0.0247	0.1867	0.0019	-0.0713	0.6641	-0.3118	0.3475	41.4877	13.1973	74.6823
5	2.6966	1.824	2.9444	4.3554	0.2044	6.5198	0.296	0.3324	-0.3504	-0.5433	-0.3713	0.1881	0.3332	0.6562	0.0753	0.3329	0.0747	-0.1949	0.6094	-0.2036	0.3866	30.6828	18.0486	64.1915
6	2.9566	-1.4488	-0.6396	1.2514	1.6274	5.4895	-0.1227	0.2113	-0.2047	0.1655	0.1482	0.0931	0.4078	0.4561	-0.0255	0.057	-0.0142	-0.0065	0.2381	-0.0434	0.4041	37.276	20.8387	90.2479
7	9.7211	2.8953	6.2985	2.1228	1.5811	6.5174	0.0124	0.5984	0.0456	0.1691	0.0451	-0.4288	0.2316	0.6142	-0.0575	0.2014	0.019	-0.0161	0.0725	0.0113	0.386	42.0564	28.6883	108.8187
8	2.6669	0.6221	2.3058	3.7167	1.3293	7.0126	0.1947	-0.2013	0.0994	0.8563	-0.2393	0.0073	0.2303	-0.6969	0.0446	0.2067	-0.0468	0.0505	0.0732	-0.0038	0.3878	32.1801	34.8995	118.9308
9	4.5935	1.4277	-1.6833	1.355	-1.3083	26.3679	-0.0209	0.1546	0.3939	0.1376	-0.2684	-0.1182	-0.2187	0.3743	0.2893	0.0806	-0.0287	-0.0319	0.1394	0.0386	0.3487	34.5641	34.0588	102.6233
10	1.3972	0.8342	0.5712	3.6064	0.5044	0.3028	0.1335	0.0702	-0.0985	0.4551	-0.0794	-0.3168	0.1232	0.0895	-0.0541	0.19	0.0476	-0.0463	0.0827	0.0021	0.4165	45.7968	46.009	118.3596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	72 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	90 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	176 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	231 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	261 - 291
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	295 - 316
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	317 - 355
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	356 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	370 - 489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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