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万見
- PDB-4mna: Crystal structure of the free FLS2 ectodomains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mna
タイトルCrystal structure of the free FLS2 ectodomains
要素LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
キーワードTRANSFERASE / FLS2 / plant immunity / Leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of anion channel activity / defense response by callose deposition in cell wall / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / detection of bacterium / endomembrane system / receptor-mediated endocytosis / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / defense response to bacterium ...regulation of anion channel activity / defense response by callose deposition in cell wall / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / detection of bacterium / endomembrane system / receptor-mediated endocytosis / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.998 Å
データ登録者Chai, J. / Han, Z. / Sun, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for flg22-induced activation of the Arabidopsis FLS2-BAK1 immune complex.
著者: Sun, Y. / Li, L. / Macho, A.P. / Han, Z. / Hu, Z. / Zipfel, C. / Zhou, J.M. / Chai, J.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,79310
ポリマ－72,4251
非ポリマー1,3689
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.542, 189.542, 117.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2 / Protein FLAGELLIN-SENSING 2 / Protein FLAGELLIN-SENSITIVE 2


分子量: 72425.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-121, 242-800 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FLS2, At5g46330, MPL12.13, MPL12.8 / 細胞株 (発現宿主): high five
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9FL28, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 5.0, 0.11M Zinc acetate dihydrate, 14.25% (v/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.998→50 Å / Num. all: 20910 / Num. obs: 20722 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGZ

3rgz


解像度: 3.998→29.728 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2792 1055 5.1 %RANDOM
Rwork0.2495 ---
all0.251 20854 --
obs0.251 20667 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.998→29.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4890 0 74 0 4964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.096867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9371893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004879
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.9983-4.17980.29731420.2489237098
4.1798-4.39950.28111220.2272244599
4.3995-4.67410.23791460.2008241099
4.6741-5.03340.21011120.1976247699
5.0334-5.5370.25141470.20672430100
5.537-6.33150.32831430.28132468100
6.3315-7.95170.33761230.2752247798
7.9517-29.72830.28121200.2845253698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 68.339 Å / Origin y: -71.7339 Å / Origin z: -37.7395 Å
111213212223313233
T0.6474 Å2-0.3386 Å20.0513 Å2-0.6337 Å20.0358 Å2--0.6245 Å2
L1.5028 °20.1872 °20.5324 °2-0.5581 °21.1116 °2--2.365 °2
S0.0318 Å °-0.1085 Å °-0.1272 Å °0.0674 Å °-0.0644 Å °0.0562 Å °0.4264 Å °-0.4626 Å °-0.0979 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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