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- PDB-4mn4: Structural Basis for the MukB-topoisomerase IV Interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mn4
タイトルStructural Basis for the MukB-topoisomerase IV Interaction
要素
  • Chromosome partition protein MukB
  • DNA topoisomerase 4 subunit ADNAトポイソメラーゼ
キーワードISOMERASE/CELL CYCLE / beta-pinwheel / chromosome partitioning / ISOMERASE-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / 核様体 / chromosome condensation / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change ...condensin complex / plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / 核様体 / chromosome condensation / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / 染色体 / DNA複製 / 細胞分裂 / GTP binding / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MukB, hinge domain / DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Immunoglobulin FC, subunit C ...MukB, hinge domain / DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Immunoglobulin FC, subunit C / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 4 subunit A / Chromosome partition protein MukB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vos, S.M. / Stewart, N.K. / Oakley, M.G. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the MukB-topoisomerase IV interaction and its functional implications in vivo.
著者: Vos, S.M. / Stewart, N.K. / Oakley, M.G. / Berger, J.M.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: Chromosome partition protein MukB
D: Chromosome partition protein MukB
B: DNA topoisomerase 4 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2864
ポリマ－93,2864
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.767, 103.737, 186.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / DNAトポイソメラーゼ / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 28295.965 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 497-752) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: parC / プラスミド: pET28(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)Codon-Plus RIL / 参照: UniProt: P0AFI2, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 Chromosome partition protein MukB / Structural maintenance of chromosome-related protein


分子量: 18347.139 Da / 分子数: 2 / 断片: hinge domain (UNP residues 645-804) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: mukB / プラスミド: pET28(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)Codon-Plus RIL / 参照: UniProt: P22523
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 212.5 mM lithium citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1
シンクロトロンALS 8.3.120.979648
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年6月24日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年6月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double flat crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double flat crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9796481
反射解像度: 2.3→49.974 Å / Num. all: 44001 / Num. obs: 44001 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique all: 44001 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3IBP AND IZVU

3ibp


解像度: 2.3→49.974 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 2170 5.04 %RANDOM
Rwork0.2042 ---
obs0.2063 43079 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6209 0 0 251 6460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6138720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4482488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35010.31461310.25392220X-RAY DIFFRACTION87
2.3501-2.40480.3221510.27082307X-RAY DIFFRACTION92
2.4048-2.46490.36181370.27192461X-RAY DIFFRACTION96
2.4649-2.53150.33481390.24692578X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.6060.28061290.24882587X-RAY DIFFRACTION100
2.606-2.69010.31041400.24822535X-RAY DIFFRACTION100
2.6901-2.78630.31821480.24552585X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.89780.32861350.25172583X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.02970.31721290.25262594X-RAY DIFFRACTION100
3.0297-3.18940.31531090.22942617X-RAY DIFFRACTION100
3.1894-3.38920.25011410.22072589X-RAY DIFFRACTION100
3.3892-3.65080.22461140.19712614X-RAY DIFFRACTION100
3.6508-4.0180.23311430.17962609X-RAY DIFFRACTION100
4.018-4.59910.18011480.15492635X-RAY DIFFRACTION99
4.5991-5.7930.18221230.162658X-RAY DIFFRACTION99
5.793-49.98580.17761530.17342737X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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