PDB-4mmt: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mmt

タイトル

Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 at pH 9.5

要素

Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
Fusion glycoprotein F2

キーワード

VIRAL PROTEIN / fusion / membrane / structure-based vaccine design

機能・相同性

機能・相同性情報

Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Mclellan, J.S. / Stewart-Jones, G.B.E. / Sastry, M. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure-based design of a fusion glycoprotein vaccine for respiratory syncytial virus.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / ...

履歴

登録	2013年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2021年6月2日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mmt.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mmt.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/4mmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/4mmt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mmqC 4mmrC 4mmsC 4mmuC 4mmvC 4jhwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tdl-1 5fps-d 4mmr-1 6ead-1 4a92-d 4im8-3 10789 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F2

B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion glycoprotein F2

B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

A: Fusion glycoprotein F2

B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

A: Fusion glycoprotein F2

B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	170.726, 170.726, 170.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Fusion glycoprotein F2 分子量: 9215.410 Da / 分子数: 1 / 変異: P102A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) 遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質	Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain 分子量: 45609.148 Da / 分子数: 1 / 変異: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: P10104
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1.8 M Na/K tartrate, 0.2 M LiSO4, 0.1 M CHES pH9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月19日 / 詳細: Si 111
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 16772 / Num. obs: 16252 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 88.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 11.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JHW

4jhw

解像度: 3.05→45.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9267 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2432	816	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2306	-	-	-
obs	0.2312	16192	96.56 %	-
all	-	16762	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.801 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→45.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3510	0	0	0	3510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	3567	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	4836	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1264	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		97	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		497	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3567	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.9
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	24.3
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		498	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4068	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.26 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3018	146	5.13 %
R_work	0.2658	2699	-
all	0.2677	2845	-
obs	-	-	96.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8308	-2.1286	-1.1907	0.5391	-1.5402	2.7063	-0.0078	-0.0559	-0.1652	0.0134	0.0044	0.0949	0.3225	-0.1008	0.0034	0.1195	-0.019	0.0619	0.0903	0.0692	0.0251	-4.9369	5.7109	36.0814
2	0.7645	-0.001	0.2535	0.4882	1.9391	2.963	-0.0029	-0.0047	0.0211	0.0287	0.0334	-0.0806	0.0301	0.0967	-0.0305	0.1629	0.0766	-0.1272	-0.0282	-0.2541	-0.1037	3.1988	19.3736	39.2679
3	1.5387	-0.0414	-1.8752	0.0219	-1.8903	2.4757	-0.0155	0.0124	-0.0166	0.0037	-0.0196	0.0635	0.3214	-0.1523	0.0352	-0.0098	0.0378	-0.0201	-0.0774	0.1157	-0.1721	1.8991	11.0786	35.2672
4	4.2555	-1.7701	-0.4152	1.9945	-3.211	0	0.1336	-0.1247	-0.3566	0.1162	-0.0327	0.3275	0.2924	0.0132	-0.1009	-0.1177	-0.1042	-0.0595	-0.1612	0.0675	-0.1937	8.4393	-8.7308	22.176
5	2.4038	-1.4102	0.7384	1.1939	3.8857	0	0.0187	0.3774	0.0141	-0.1629	-0.0495	-0.1635	0.1331	0.0563	0.0308	0.1947	-0.0907	-0.2519	-0.3714	-0.1549	-0.0389	8.2391	-23.3511	-6.4352
6	0.4036	-0.394	-0.8728	1.2519	0.979	0.7781	0.0039	0.0082	-0.0111	-0.002	-0.0251	-0.0238	-0.0118	-0.0144	0.0212	0.1932	0.002	-0.152	0.2196	-0.0691	0.228	1.485	-23.6059	-25.7088
7	0.4686	0.1736	0.0736	0.2956	0.1888	0.1952	-0.0035	0.0396	0.011	-0.01	0.0111	-0.0084	-0.0104	-0.0099	-0.0077	0.1215	-0.0041	0.0315	0.2124	-0.1001	0.1741	-11.0783	-22.4851	-23.5806
8	0	0.1939	0.6959	0	0.3895	0.1598	0.0133	0.0361	0.0495	-0.0198	-0.0185	-0.0515	-0.0193	0.0057	0.0052	0.0582	-0.1294	-0.2992	-0.027	-0.2969	-0.2737	-5.5398	-17.5889	-18.4377
9	0	-0.0065	1.2894	0.0011	0.3303	0	0.0042	0.0644	0.037	-0.0505	-0.0108	-0.0627	-0.0074	0.0541	0.0066	0.1197	-0.3136	-0.2858	-0.0457	-0.2694	-0.3246	2.494	-17.0117	-15.0453
10	0	1.7565	-3.5899	2.9284	-0.6203	1.2821	-0.0001	-0.0369	-0.0281	-0.0354	0.0128	-0.181	0.0144	0.1056	-0.0127	0.2185	0.0128	-0.1932	-0.0623	-0.2174	-0.2087	13.0256	-11.6324	-9.6428
11	3.2283	-0.5535	0.5636	1.1115	0.2863	3.5929	0.0607	0.3158	-0.399	-0.2162	0.1215	0.1691	0.185	0.1094	-0.1822	-0.0819	-0.0172	-0.0611	-0.1612	-0.0057	-0.2559	19.6679	-5.05	13.0835
12	0.4257	-0.2857	0.0032	1.8621	0.414	0.8756	-0.003	0.0177	-0.0018	-0.0445	-0.0246	-0.0898	-0.0306	0.0891	0.0276	0.3859	0.2906	0.0246	-0.1657	-0.2009	0.3703	20.1625	-27.3245	1.3544
13	0.0615	-6.0819	-3.8939	5.9459	-4.0138	5.451	-0.0104	-0.0887	-0.1972	-0.1023	-0.1666	-0.069	0.161	0.3986	0.177	0.2913	-0.2041	-0.2501	-0.3703	0.124	0.2567	13.2597	-28.0499	7.9598
14	1.4784	3.4069	2.1921	0	0.6617	0.1155	0.0139	0.0692	-0.1613	-0.0762	-0.0478	-0.0027	0.0721	0.0414	0.0339	-0.0058	-0.3344	-0.3904	-0.4349	-0.4131	-0.0161	2.0683	-26.5506	-4.5985
15	0.8455	0.3533	-0.5165	0.3821	1.1976	0.2903	0.0119	0.0631	-0.0082	-0.0799	-0.0153	-0.0421	0.0123	0.0007	0.0034	0.1707	-0.2024	-0.058	0.1032	-0.0926	0.1979	-2.4618	-31.1624	-20.4705
16	4.4526	-2.3217	-0.1381	2.8713	-0.6468	0.4525	0.0099	0.1342	-0.0079	-0.0333	0.0072	0.0725	0.0503	0.004	-0.017	0.1386	-0.0816	0.0805	0.1057	-0.2515	0.0689	-9.9773	-24.5106	-14.0364
17	0.0043	2.7296	0.6988	0	-1.858	0.8571	-0.0004	0.0431	-0.0104	0.009	0.025	0.1974	-0.1087	-0.1086	-0.0246	-0.0089	-0.1645	-0.2164	-0.1099	-0.2159	-0.0641	0.3998	-13.2774	-4.3271
18	4.1389	2.0691	-0.8105	3.7476	1.0687	1.5503	0.0238	0.0238	-0.8788	0.096	-0.2274	0.2829	0.3426	-0.3097	0.2036	0.0542	-0.1833	-0.2085	-0.2213	-0.0265	0.1038	3.5823	-14.0017	10.6519
19	0.4954	-0.4725	-2.1288	0.4307	2.6354	0.7132	0.0264	0.0051	0.1043	0.1556	0.02	0.147	0.0108	-0.1404	-0.0465	0.0038	-0.3001	-0.0647	-0.0846	0.0071	0.2716	-1.4017	-12.648	21.2571
20	6.9641	-0.0594	-1.7409	1.082	-2.1586	0.0211	0.0498	0.52	-0.4056	-0.6169	0.0011	-0.0479	0.5723	0.2695	-0.0509	0.207	-0.0875	-0.1225	-0.1139	-0.0774	-0.0134	9.8665	-13.8803	4.0034
21	2.1657	-1.4219	-0.4321	0.8609	0.5323	1.8604	-0.0473	-0.1492	0.0462	0.0212	0.0793	0.3591	0.0679	-0.2825	-0.032	-0.0704	-0.0511	-0.0069	-0.1189	-0.062	-0.1201	6.9272	7.3954	27.8808
22	3.1312	-1.2774	1.1241	0.4072	3.8767	5.9564	0.0188	-0.1637	0.6588	-0.0465	0.0581	-0.0329	-0.5034	0.1433	-0.0769	0.012	0.0243	-0.0628	-0.0881	-0.0739	-0.0726	10.6031	22.144	30.5613
23	1.8672	-1.3866	0.114	3.149	0.2567	0.3748	-0.0342	-0.4102	0.1019	0.1977	0.042	-0.0035	0.1201	-0.238	-0.0078	-0.0211	-0.0041	-0.0414	-0.0595	-0.0131	-0.0786	8.072	11.7305	30.7065
24	1.324	-1.6889	0.7424	0	0.9986	0	0.0412	0.2215	-0.1155	-0.188	0.0396	0.2737	0.1205	-0.3113	-0.0809	-0.0347	0.0229	0.1141	0.262	-0.21	0.2795	-17.5425	23.8765	27.5367
25	1.2288	0.9108	-0.5251	3.0309	-0.4019	2.709	0.0604	-0.412	0.1584	0.4408	-0.0916	0.1078	0.0461	-0.4522	0.0313	-0.1149	0.1003	0.0405	0.0332	-0.1335	0.1344	-6.9779	23.3882	28.749
26	4.4012	-4.3705	1.2101	0	-1.5366	9.7482	0.0058	-0.5044	-0.0389	0.0588	0.0192	0.4994	0.1911	-0.1343	-0.025	0.0441	0.0109	0.1544	-0.0467	-0.0344	-0.0211	-6.106	15.3457	33.541
27	3.2755	0.4034	-0.1135	2.6608	-1.2875	4.8572	0.0083	-0.2058	0.5842	0.0857	-0.2363	-0.3303	-0.2377	0.0265	0.228	0.0578	0.0234	-0.1422	-0.1452	-0.1672	0.1289	16.9432	28.8188	36.3367
28	0.508	-1.4771	1.3517	2.847	-1.5003	0.7884	-0.0163	-0.0208	0.084	0.0656	-0.0639	-0.1401	0.024	0.1717	0.0801	-0.2413	-0.0306	-0.2039	-0.1952	-0.1336	-0.1046	24.9182	24.2238	38.4853
29	0.5842	-0.6144	1.1525	0.7261	0.1226	1.3424	0.0067	-0.0109	-0.0378	0.0003	0.0106	0.0466	-0.0033	0.031	-0.0173	0.1545	-0.1721	-0.0768	0.206	0.0523	0.1817	34.6729	40.2536	45.4908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|26 - 31}	A	26 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|32 - 36}	A	32 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|37 - 43}	A	37 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|44 - 55}	A	44 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|56 - 65}	A	56 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|66 - 70}	A	66 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|71 - 76}	A	71 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|77 - 82}	A	77 - 82
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|83 - 87}	A	83 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|88 - 98}	A	88 - 98
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|137 - 160}	B	137 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|161 - 167}	B	161 - 167
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|168 - 189}	B	168 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|190 - 201}	B	190 - 201
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|202 - 211}	B	202 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|212 - 224}	B	212 - 224
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|225 - 236}	B	225 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|237 - 269}	B	237 - 269
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|270 - 279}	B	270 - 279
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|280 - 299}	B	280 - 299
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|300 - 327}	B	300 - 327
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|328 - 341}	B	328 - 341
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|342 - 424}	B	342 - 424
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|425 - 433}	B	425 - 433
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{B\|434 - 456}	B	434 - 456
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{B\|457 - 472}	B	457 - 472
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{B\|473 - 488}	B	473 - 488
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{B\|489 - 504}	B	489 - 504
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{B\|505 - 516}	B	505 - 516

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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