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- PDB-4mmn: Structural and biochemical analysis of type II free methionine-R-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmn
タイトルStructural and biochemical analysis of type II free methionine-R-sulfoxide reductase from Thermoplasma acidophilum
要素Putative uncharacterized protein Ta0848
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase
機能・相同性GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GAF domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, H.S. / Kwak, G.H. / Lee, K.T. / Jo, C.H. / Hwang, K.Y. / Kim, H.Y.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical analysis of a type II free methionine-R-sulfoxide reductase from Thermoplasma acidophilum
著者: Kim, H.S. / Kwak, G.H. / Lee, K. / Jo, C.H. / Hwang, K.Y. / Kim, H.Y.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein Ta0848
B: Putative uncharacterized protein Ta0848
C: Putative uncharacterized protein Ta0848
D: Putative uncharacterized protein Ta0848
E: Putative uncharacterized protein Ta0848
F: Putative uncharacterized protein Ta0848
G: Putative uncharacterized protein Ta0848
H: Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,1158
ポリマ－136,1158
非ポリマー00
水3,189177
1
A: Putative uncharacterized protein Ta0848
B: Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－34,0292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Putative uncharacterized protein Ta0848
E: Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－34,0292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative uncharacterized protein Ta0848
H: Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－34,0292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Putative uncharacterized protein Ta0848
G: Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－34,0292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.902, 158.902, 194.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein Ta0848


分子量: 17014.346 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta0848 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HJW5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085M sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 25.5% polyethylene glycol 4000, 15% glycerol. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 54183 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 14.205
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 265551 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 73.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMH

3mmh


解像度: 2.6→28.089 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2.12 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1991 3.68 %
Rwork0.1956 --
obs0.1971 54100 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8912 0 0 177 9089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1912276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.623404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.66530.30771060.3087303977
2.6653-2.73730.37411390.3461352690
2.7373-2.81770.37011290.3245354695
2.8177-2.90860.36221520.3205374396
2.9086-3.01240.35781360.2893372496
3.0124-3.13290.32761480.2648372497
3.1329-3.27530.27541460.2481385198
3.2753-3.44770.2861480.219382399
3.4477-3.66330.23121590.191386899
3.6633-3.94540.20131360.16813790100
3.9454-4.34110.16961600.15123912100
4.3411-4.96630.17041480.12643868100
4.9663-6.24570.20391360.15143892100
6.2457-28.09090.20781480.155380398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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