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- PDB-4mmm: Human Pdrx5 complex with a ligand BP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmm
タイトルHuman Pdrx5 complex with a ligand BP7
要素Peroxiredoxin-5, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / peroxisomal matrix / positive regulation of collagen biosynthetic process / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / cellular response to reactive oxygen species / peroxisome / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-BIPHENYL-3,4-DIOL / Peroxiredoxin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Guichou, J.F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
著者: Aguirre, C. / Brink, T.T. / Guichou, J.F. / Cala, O. / Krimm, I.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
C: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
E: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
G: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7146
ポリマ－71,3424
非ポリマー3722
水15,511861
1
A: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0222
ポリマ－17,8351
非ポリマー1861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0222
ポリマ－17,8351
非ポリマー1861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Peroxiredoxin-5, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8351
ポリマ－17,8351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Peroxiredoxin-5, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8351
ポリマ－17,8351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
E: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8573
ポリマ－35,6712
非ポリマー1861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
6
C: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
G: Peroxiredoxin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8573
ポリマ－35,6712
非ポリマー1861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.467, 101.228, 58.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-5, mitochondrial / Alu corepressor 1 / Antioxidant enzyme B166 / AOEB166 / Liver tissue 2D-page spot 71B / PLP / ...Alu corepressor 1 / Antioxidant enzyme B166 / AOEB166 / Liver tissue 2D-page spot 71B / PLP / Peroxiredoxin V / Prx-V / Peroxisomal antioxidant enzyme / TPx type VI / Thioredoxin peroxidase PMP20 / Thioredoxin reductase


分子量: 17835.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX5, ACR1, SBBI10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-BP7 / 1,1'-BIPHENYL-3,4-DIOL / 3,4-DIHYDROXYBIPHENYL / 4-フェニルピロカテコ-ル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 22% PEG3350, 0.1M sodium citrate buffer (pH 5.3), 0.2M potassium sodium tartrate, 5mM 1,4-dithio-dl-threitol, 0.02%(w/v) sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07244 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07244 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.48
11-h,-k,l20.52
反射解像度: 1.47→44.05 Å / Num. obs: 119074 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→44.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 0.708 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19155 6420 5.1 %RANDOM
Rwork0.16236 ---
obs0.16383 119074 94.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å20.72 Å2
2--8.17 Å20 Å2
3----7.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 28 861 5673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195010
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9936796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7623.00111594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0935674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22125.055182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4715865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1531521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5991.2642636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5981.2642635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9911.8923303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9911.8933304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.751.3512374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.751.3512375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.21.9943485
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.74511.3216345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.74511.3236346
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.506 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 462 -
Rwork0.213 8096 -
obs--87.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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