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- PDB-4mm2: Crystal structure of yeast primase catalytic subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mm2
タイトルCrystal structure of yeast primase catalytic subunit
要素DNA primase small subunit
キーワードREPLICATION / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / DNA replication initiation / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / : / alpha DNA polymerase:primase complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication, synthesis of primer / nuclear replication fork ...Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / DNA replication initiation / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / : / alpha DNA polymerase:primase complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication, synthesis of primer / nuclear replication fork / DNA replication initiation / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA replication / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, PRIM domain / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRIC ACID / DNA primase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Park, K.R. / An, J.Y. / Lee, Y. / Youn, H.S. / Lee, J.G. / Kang, J.Y. / Kim, T.G. / Lim, J.J. / Eom, S.H. / Wang, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of yeast primase catalytic subunit
著者: Park, K.R. / An, J.Y. / Lee, Y. / Youn, H.S. / Lee, J.G. / Kang, J.Y. / Kim, T.G. / Lim, J.J. / Eom, S.H. / Wang, J.
履歴
登録2013年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns ...refine / reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase small subunit
B: DNA primase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,83614
ポリマ－96,3282
非ポリマー1,50812
水7,116395
1
A: DNA primase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9187
ポリマ－48,1641
非ポリマー7546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA primase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9187
ポリマ－48,1641
非ポリマー7546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.370, 196.040, 53.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 402 / Label seq-ID: 15 - 407

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 DNA primase small subunit / DNA polymerase alpha:primase complex p48 subunit / DNA polymerase-primase complex p48 subunit / Pol ...DNA polymerase alpha:primase complex p48 subunit / DNA polymerase-primase complex p48 subunit / Pol alpha-primase complex p48 subunit / DNA primase 48 kDa subunit


分子量: 48163.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRI1, YIR008C, YIB8C / プラスミド: pETDuet vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10363, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Na-Citrate, 0.2M NDSB, 5mM CdCl2, 30% PEG 600, 10mM ZnCl2 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 111075 / Num. obs: 111075 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.988 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique all: 5296 / % possible all: 59.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MHQ

4mhq


解像度: 1.6→43.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 3.518 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29293 5568 5 %RANDOM
Rwork0.25496 ---
obs0.25689 105430 92.81 %-
all-111075 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20.23 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6510 0 36 395 6941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9629124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1513.00114817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1295808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87124.018341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.754151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1121551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24626 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 279 -
Rwork0.393 4987 -
obs--59.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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