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- PDB-4mlw: Crystal structure of non-myristoylated recoverin at 1.45 A resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlw
タイトルCrystal structure of non-myristoylated recoverin at 1.45 A resolution with calcium bound to EF-hand 3
要素Recoverin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium binding protein / EF hand / Neuronal Calcium Sensing (NCS) family protein / Inhibits rhodopsin kinase / Rhodopsin kinase / Retina
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of calcium ion transport / phototransduction / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / perikaryon / calcium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Prem Kumar, R. / Ranaghan, M.J. / Oprian, D.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: A highly conserved cysteine of neuronal calcium-sensing proteins controls cooperative binding of Ca2+ to recoverin.
著者: Ranaghan, M.J. / Kumar, R.P. / Chakrabarti, K.S. / Buosi, V. / Kern, D. / Oprian, D.D.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recoverin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2752
ポリマ－23,2351
非ポリマー401
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Recoverin
ヘテロ分子

A: Recoverin
ヘテロ分子

A: Recoverin
ヘテロ分子

A: Recoverin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1018
ポリマ－92,9414
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_535-x,-y-2,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,-x-1,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.720, 84.720, 58.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Recoverin / p26


分子量: 23235.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RCV1, RCVRN, Recoverin / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS (NEB) / 参照: UniProt: P21457
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M Ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→31.86 Å / Num. all: 36801 / Num. obs: 36801 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1OMR

1omr


解像度: 1.45→31.857 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1839 5 %
Rwork0.1896 --
obs0.1907 36790 99.51 %
all-36801 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.2922 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 1 171 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.162330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.813683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.48920.2781670.25712663X-RAY DIFFRACTION100
1.4892-1.5330.25081410.23842659X-RAY DIFFRACTION100
1.533-1.58250.21981320.22222712X-RAY DIFFRACTION100
1.5825-1.63910.22581310.212706X-RAY DIFFRACTION100
1.6391-1.70470.24121370.20292690X-RAY DIFFRACTION100
1.7047-1.78230.22741370.20292694X-RAY DIFFRACTION100
1.7823-1.87620.21231430.19192702X-RAY DIFFRACTION100
1.8762-1.99380.20861450.18452656X-RAY DIFFRACTION100
1.9938-2.14770.18911560.18022696X-RAY DIFFRACTION100
2.1477-2.36370.19881400.18262706X-RAY DIFFRACTION100
2.3637-2.70560.21181370.18522697X-RAY DIFFRACTION100
2.7056-3.40820.1911340.18522720X-RAY DIFFRACTION99
3.4082-31.86440.22571390.18572650X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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